乾隆二十二年，曾經禍亂西北，妄圖分裂疆土的準噶爾末代汗王阿睦爾撒納因痘疫暴斃於沙俄境內，在此之前清朝政府已經多次與沙俄交涉，但沙俄始終不願意把這位賊酋交給清朝。
眼下阿睦爾撒納死了，沙俄也不願意為了一具殭屍而與清朝鬧翻，次年正月，沙俄請清朝派人到邊界驗看阿睦爾撒納的屍體。
經乾隆派人前往驗看，斷定阿睦爾撒納確死無疑，至此，乾隆才放下心來。
1
阿睦爾撒納原是準噶爾大汗達瓦齊的親信，後來二人發生矛盾以至於爆發戰爭，阿睦爾撒納因為實力不敵達瓦齊遂投靠清朝。
在這位帶路黨的代理下，清軍一舉蕩平了準噶爾，然而，當時的準部並沒有完全被消滅，清軍所到之處皆是望風而降，也就是說準噶爾的實力還在，要這位與清朝爭鬥了百年的老鄰居就此懾服可沒有那麼容易。
尤其是有些人還別有用心。
乾隆的打算是將準噶爾分割開來“以分其力”，因此早早地將達瓦齊的手下噶勒藏多爾濟封為綽羅斯汗，另外又以策凌為杜爾伯特汗，阿睦爾撒納為輝特汗，班珠爾為和碩特汗。
乾隆的安排讓阿睦爾撒納並不能滿意，他的目標是統領整個準噶爾，而不是隻當一個小小的輝特汗。
阿睦爾撒納開始縱容親信大造輿論，四處宣稱說乾隆必封阿睦爾撒納為總汗，棄用清廷頒給的副將軍印信，並且私自佔有達瓦齊擁有的馬駝牛羊，逼迫不聽他指使的頭領遠離伊犁。
乾隆二十年五月，乾隆下旨命令等擒獲達瓦齊之後就讓阿睦爾撒納赴熱河覲見，但當乾隆得到班第，薩喇爾上奏的關於阿睦爾撒納不法行為的密摺後，乾隆決定先發制人擒住阿睦爾撒納。
六月，乾隆催促阿睦爾撒納前往熱河，同時密令班第，如果阿睦爾撒納不肯動身，就以會同防範哈薩克為由，讓薩喇爾和鄂容安將其一舉擒獲。
班第因為兵力薄弱，不敢貿然下手，乾隆又密令阿桂帶兵將阿睦爾撒納的妻子及親信鎖拿進京。
2
阿睦爾撒納雖然並不知道乾隆的意圖，但卻早就有所心理準備。
當時被派往監視他的額駙奉詔先回皇宮，阿睦爾撒納與這位額駙關係頗好，於是約定請他代為向皇上奏請，定於七月下旬參見。
阿睦爾撒納當然無意參見乾隆，他只是用這位額附來試探乾隆罷了，如果沒有消息傳來，那就證明乾隆要對自己下手了。
因此阿睦爾撒納在前往京城的路上格外小心，到了八月，他已經到了烏隆古附近，而額附還沒有任何消息傳來，阿睦爾撒納已經明白要發生什麼事了。
烏隆古鄰近阿睦爾撒納以前的老地盤，他留下乾隆所給的將軍印信之後連夜飛奔。
阿睦爾撒納的叛逃重新引起了準部地區的騷動，許多不甘失敗的頭領聞風而動，攻擊進入準部地區的清軍。
八月二十三日，伊犁宰桑克什木等帶兵攻打伊犁，班第，鄂容安等不敵只能帶兵朝崆吉斯附近撤退，數日之後被包圍於烏蘭庫圖勒。
班第，鄂容安戰敗自殺，副將軍薩喇爾雖然突出重圍，但很快被抓到了阿睦爾撒納的面前。
3
準部的得而復失讓乾隆不得不調整人事安排，他任命額附策楞為定西將軍，命兆惠駐巴里坤辦事。
玉保帶著先鋒部隊追尋阿睦爾撒納的蹤跡，沿途進展頗為順利，當他抵達特克勒的時候，這裡已經距離阿睦爾撒納的營地不遠。
正當玉保準備追擊的時候，侍衛褔昭突然來報，說阿睦爾撒納已經被擒獲，這本來是一個未經證實的傳聞，玉保卻信以為真，派人飛奔報告給了策楞。
策楞也因為立功心切，派人前往京師告捷，事實上，這是阿睦爾撒納玩弄的一個把戲，他以此迷惑清軍，贏得脫身時間， 率領殘部迅速逃往哈薩克。
乾隆在得知消息之後也是激動異常，立刻去泰陵感謝祖先“默垂麻佑”，並且封策楞為一等公，玉保為三等男。然而沒過幾天乾隆就得到了策楞的奏報，稱並沒有擒獲阿睦爾撒納。
這場烏龍讓乾隆大怒，他下旨將玉保，策楞革職，解京治罪。
乾隆轉而委派達爾黨阿領兵出西路，哈達哈出北路，一起夾擊阿睦爾撒納。
阿睦爾撒納的軍隊與西路清軍交戰後敗退逃入哈薩克人的軍營，這時他故伎重施，派哈薩克人前往達瓦黨阿軍營，稱阿睦爾撒納“即欲擒獻，但需汗至，乞暫緩師待 ”，結果又被他金蟬脫殼。
兩路清軍都沒有取得戰果 ，只能無功而返。
4
阿睦爾撒納的逃去以及清軍的無能讓準部形勢進一步惡化，喀爾喀親王額琳沁多爾濟因此事被乾隆賜自盡，當地人對此非常不滿。
郡王青滾雜卜乘機大做文章，陰謀作亂，而與此同時，清廷冊封的幾個準噶爾汗王也相繼發動叛亂，阿睦爾撒納一看形勢有變立刻從哈薩克出山，與這些叛亂汗王會盟於十羅塔拉河畔，做了夢寐以求的四部總檯吉。
乾隆二十一年十一月，得到增援的定邊副將軍兆惠從濟爾哈朗東行，於次年正月抵達烏魯木齊，遭到了多位叛亂宰桑的聯合攻擊。
疲憊不堪的清軍只能在特訥格結營自保，等待救援。幾天之後，援軍終於到來，兆惠才得以回到巴里坤。
等兆惠回來之後，乾隆命令成滾扎布出北路，兆惠出西路再次進軍圍剿阿睦爾撒納。
但讓清軍沒有想到的是這次進展十分順利，一是準部自己發生了內亂，二是準噶爾各地痘疫橫行，使得準部叛軍戰鬥力銳減，倖存的四處逃亡，叛軍不戰自潰。
兆惠得知阿睦爾撒納已潛逃巴雅爾，而此時哈薩克汗又遣使來降，這樣一來，阿睦爾撒納就只能逃往俄羅斯了。
兆惠堅信阿睦爾撒納就藏在俄羅斯境內，多次派人與沙俄交涉，但沙俄卻拒絕交出這位叛酋。
直到乾隆二十二年九月，阿睦爾撒納病死於沙俄，西伯利亞總督才將阿睦爾撒納的屍體運到恰克圖，乾隆派人檢查確認之後才終於放下心來。
第二次平準噶爾之役讓清朝徹底消除了準部的威脅，而給準部帶來的打擊也是毀滅性的。
據清朝史家趙翼記載“婦孺悉驅入內地賞軍，多死於途，於是厄魯特種類盡矣。”
準噶爾，這個曾經輝煌的汗國，終究被清朝所滅亡。
