1644年，崇禎自縊而亡，李自成終於進入了他夢寐與求的北京城，但他遇到的不是夾道相迎的百姓，也沒有遇到激烈的巷戰，而是一副人間地獄的局面，因為由於鼠疫，北京城裡已經沒有多少個能夠站立的人了。鼠疫怎麼會那麼厲害，它對明朝的命運產生了什麼樣的影響。
鼠疫的爆發是由於鼠疫桿菌傳染給人導致的。時值小冰河時期，明朝末年的氣候異常寒冷，旱災頻發，糧食減產，老鼠也出來找食物，難民沒有糧食可吃，只好挖老鼠洞裡的糧食，於是鼠疫桿菌通過傳染給了難民。不久，鼠疫首先在乾旱嚴重的山西爆發，並隨著難民的遷徙，鼠疫蔓延。
1643年，鼠疫傳到了北京城，並迅速蔓延，據記載北京城內每天有上萬人死亡，鼠疫發生前的北京城有100萬人左右，過後只剩下60-80萬人，可見鼠疫的慘烈。最可怕的是明政府的反應遲鈍，崇禎對此不太上心，他更關心的是遼東和各地的起義，二月發生的鼠疫，七月才有人上疏請求賑災，崇禎這才下旨，撥銀20000兩，令五城巡城御史收埋死屍，再撥1000兩銀子給太醫院，令其醫治病民。但這些措施根本不起作用，北京城裡，病人、死人層出不窮，大批的死人、死鼠無人處理，以致城門都被棺材堵住，百姓的恐慌根本無人顧及。對北京城致命的一擊是鼠疫傳染到了北京的軍隊，當時守衛北京的三大營共有十萬人左右，由於鼠疫，竟然死了一半，剩下的也是殘兵了，根本無力抵抗李自成，還比不上崇禎派上城斗的四千太監，結果，李自成只用了兩天時間久攻下了北京，大明就此滅亡。
明朝末年政治腐敗，災害連年，北方戰事吃緊，但明朝基本都挺過來了，但一場鼠疫下來，更加加劇內部的混亂，導致起義不斷，先前被明軍打得只剩十八個人的李自成又東山再起，不費吹灰之力就打下了大同等重要關隘，鼠疫可謂功不可沒。明朝的滅亡，鼠疫雖然不是主因，但卻是壓死駱駝的最後一根稻草。
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