儒家的主體地位的確立經歷了比較漫長的過程。因為在古代社會，佛道兩派的力量同樣舉足輕重，但是隨著歷史的發展，三家逐漸在儒家倫理的體系下統一起來。
魏晉南北朝時期儒、道、佛三家開始相互交流，並逐漸呈現互包共容之勢，這種趨勢在南朝王儉《七志》和阮孝緒《七錄》為標誌的一批古書目錄中都有著或多或少的體現。隋唐時期，儒道釋三教並重，並進一步融合。直到宋時，儒道釋三家實現合流。這種最終的融合，是一種長期鬥爭而交匯的辯證過程，並非是一種平滑靜態的文化交流的模式。南宋時期的晁公武曰：“蓋彼八家皆有補於時，而此二教皆無意於世也。八家本出於聖人，有補於時，特學者失之。而莊老猶足以亡晉，申商猶足以滅秦，況二教無意於世，不自附於聖人，若學而又失之，則其禍將如何，故存之以為世戒雲”，深刻而又精闢的反映了三教合一所走過的曲折艱難的歷程。
儒道兩家思想在先秦的第一次合流互補是戰國中後期孟子和荀子儒家與稷下黃老道家之間的交流，道家接受了儒家的仁學和禮制文化，主要表現在黃老之學的代表作品《黃帝四經》、《慎子》、《管子》等著作中；儒家則吸收了道家的宇宙論、自然觀和理論思維，主要表現在 《孟子》、《荀子》、《易傳》、《大學》、《中庸》等著作中。在儒家取得統治地位以後，道家就成為儒家的重要支撐力量，不但繼續在自然宇宙觀、古老辯證法等方面啟蒙儒家，而且兩者也為封建社會的入仕與歸隱提供了一種理論依據，很好地緩和了矛盾，共同構成了一張具有張力的大網。
從釋家方面來看，佛學初來中土，主要走的是上層路線，積極靠近官方儒學。正如東晉道安所言：“不依國主，法事難立”。官方雖然不準民間信仰，但是本身卻對佛學禮遇有加，而且最終佛學也是走了一條自上而下的道路。後期佛學逐漸實現了中國化，並且在隋唐時期確立了自己的一席之地，開始在相對平等的意義上與儒學對話，甚至出現“儒門淡泊，收拾不住，皆歸釋氏”的情況。在這種狀況下，儒學就勢必對自身進行一定程度上的改造，必須向佛學借鑑一些它以往所排斥的東西。王陽明認為:“理無內外，性無內外，故學無內外。” 採取的策略就是“陽抑而陰扶也。使陽明不借言闢佛，則儒生輩斷斷無佛種矣。今之學佛者，皆因良知二字誘之也”。在與道教的矛盾中，佛教往往採取“聯儒闢道”的策略，佛教對於儒家思想大量的援引，成為佛教能夠在古代中國社會生存發展的重要原因。
儒家作為自漢代以來的絕對中心正統思想，它在無論政治、思想、文化領域內的地位都是不可撼動的。所以總體來看，雖然某些時段，或道或釋佔據了顯要地位，但這都不影響儒家作為中華文化思想核心地位，中華的思想文化仍是以儒為主心骨的合一，儒家的思想是基礎，道和佛只能置於從屬和輔助的地位。佛家和道家唯一選擇就是認可儒學的倫理價值，佛道向現實妥協並接納儒學的原則，最終落腳點就是倫理的歸一，或者說是現實認同和追求的一致。這種合一的過程必定不是一帆風順的，伴隨著漫長的坎坷歷程，不乏對抗與衝突。
這種融合之集大成者，表現為陽明心學。心學指先天存在的精神觀念意義上的“心”，以儒家的綱常人倫為立本，以道教的修身煉性為入門，以佛教的虛空本體為極則，以世間法與出世間法一體化為立身處世的準則，以歸儒宗孔為宗旨的三教同歸於心的思想體系。
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