具體的結果並不能確定，但可以肯定的是一定比現實中的情況好很多，至少在較長一段時間能保住半壁江山，甚至有希望收復一些失地。因為如果遷都對明朝而言雖然喪失了一些土地卻少了一些劣勢，而明朝的對手李自成和清軍則增添了很多劣勢。分別看看他們三家的情況會怎麼變化。
一、明朝：保持相對於南明來說有更高效的政府運作和更團結的狀態。
明朝的滅亡與其說是1644年李自成攻入北京崇禎自縊，不如說是1645年弘光帝朱由崧在南京被清軍俘獲。因為南京本來就具有“留都”的地位，在崇禎死後很快推舉出了新皇帝朱由崧，弘光政權也擁有比李自成、清軍更多的土地和軍隊。只有朱由崧被俘虜後，繼續南逃的南明小朝廷才真正變成了“流亡政府”。而朱由崧的弘光政權不到一年就倒臺，所存在的問題恰恰就是崇禎親自到南京能夠解決的。
朱由崧是崇禎的叔叔第一代福王朱常洵的長子。因為朱常洵是萬曆皇帝最寵愛的兒子（一度要立為太子，被群臣苦諫阻撓最終作罷），所獲賞賜非常豐富，而被李自成殘殺，盡奪其財富。朱由崧悲慘逃亡，終於躲到南京，正逢清軍攻破北京，而南京馬士英等大臣為了找一個與崇禎血緣近又沒勢力好控制的人當皇帝，才把皇冠戴到他頭上。而朱由崧不僅重用馬士英、阮大鋮等奸佞，排擠史可法等正人君子，更是貪圖享樂不思進取。而眾王與大臣對其不服，導致弘光政權不到一年土崩瓦解。
試想如果是崇禎遷都南京，就不存在繼承人紛爭，崇禎是理所當然的皇帝。以他的性格也不會被馬、阮等人控制，更不會貪圖玩樂。我們可以想見，南明（姑且還是這麼叫）會成為一個保持高效運作的政府。
二、李自成：取代明朝位置被明、清兩面夾擊
上面那張1644年的地圖已經說明，李自成佔領北京後，南邊依然是南明掌握，北方則是清軍虎視眈眈那。之所以南明沒有北上收復失地，主要是因為崇禎已死，朱由崧不能服眾，南明陷入內部派系林立，軍閥割據的情況。如果是崇禎回到南京，定然會繼續組織北上與李自成交戰。
另一方面，吳三桂投降清朝的事件依然會發生，多爾袞照樣會率軍南下與李自成交鋒。於是，原本是明朝面臨西邊的李自成、東北的清軍，現在則變成了中間的李自成被北方清軍南方明軍兩面夾擊，勢必敗亡。
三、清朝：失去“為明朝復仇”的“正義”旗號，難以順利佔領土地
清朝在入關之初之所以能非常迅速地佔領北方地區，最根本的原因是有一個“正義”的旗號，那就是：替明朝復仇。現在很多人覺得當時的官員百姓應該恨清朝多過李自成，實際上恰恰相反。由於是李自成佔領了北京，逼死了崇禎，所以清軍是正大光明地替明朝復仇。這點南明方面也承認。南明的史可法在與多爾袞通信時還多次對清軍趕走李自成、安葬崇禎的“義舉”表示感謝（即使心裡知道他們不壞好心，表面上也只好這麼做）。南明軍隊也不能與之對抗。而對普通百姓來說，明朝滅亡了，被清朝佔領和被李自成佔領也沒有多少區別。真正受到大規模抵抗是清朝南下後實行“剃髮令”，引發了漢族百姓的強烈反感。這時才有了“揚州十日”、“嘉定三屠”。
故而，沒有了為明朝復仇的旗號，有崇禎主政的明朝依然是最權威的，北方也會堅持繼續抵抗，不會輕易落入清軍手中。而已經退守南方的明朝軍隊也勢必會適時反撲，清軍想要入主中原，可能性怕是微乎其微，最多隻能與李自成交手奪取一些土地錢財。
綜合以上三方面，如果崇禎退守南京，則明朝（南明）實力加強，而李自成、清朝都會被削弱。三家實力此消彼長，一切情況都朝著對明朝有利的方向發展。即使不能一舉收復失地，也至少可以保證半壁江山。
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