天啟帝即位後，袁可立受命贊理東征軍務，備兵防海，“節制兩鎮，凡一應兵馬錢糧、徵收調遣、防剿功罪盡歸經理”。當其之時，“一方豪傑皆在老公祖幕下” ，他運籌帷幄，節制悍將毛文龍、指揮大將沈有容和張盤飛船往來攻襲於遼海各島間，戰線綿延至千餘里，多次挫敗後金對明朝沿海一帶的侵擾。
天啟二年（1622年）十二月，袁可立利用地震的“示警”作用再次向朝廷奏報，要求撥付足夠的費用“修戰艦，備器械，預籌毛帥之接濟。” “更呼吸島帥（毛文龍），駛千帆繼其糒”。時後金“出沒於長山、旅順間，漕艘賈舶多為所梗。”袁可立在“去鼉磯島四百里”的水域廣佈水師，“逾鐵山聯廣鹿島”，又“於皇城島設參將、守備各一員，練兵三千，以為登萊外藪。又設遊兵兩營，飛檣往來策應於廣鹿諸島。制炮設墩，旌旗相望。”“奴小至則避之洲，大至則遁之海，用三肄疲敵之法，然後用登、萊兵圖四衛之南。”“無事則更番防守，有事則合併策應。又設南遊、北遊兩營，各分訊地，偵邏於廣鹿諸島之間，時東時西，忽遠忽近，使敵望之不知所攻，亦不知所守，因勞為逸，反客為主，布帆草筏於是絕跡。”又“如遇運艘經過，便當撥兵防護，期保無虞”從此琉球、朝鮮海運得通，開創了中國軍隊國際護航的先河歷史。
天啟三年（1623年）春夏間，努爾哈赤下令大肆屠戮旅順和金、復一帶的百姓，袁可立令登萊水師大兵出海，“聯絡諸島，收復旅順”，以圖解救淪陷區內的離散百姓。天啟三年三月，袁可立奏報朝廷：“登萊之水師實榆關之犄角，臣與鎮道圖畫者數月。諸凡操練將士、修驗船隻、合併營伍、簡汰官兵稍有次第。”他親自挑選出精兵“三千六百人，俾總兵沈有容領之先發”，“出海於旅順、皇城、廣鹿、平山等島，相機進勦”。而副將李性忠所領數千遼左健士，袁可立“於三月十二日餞而送之，囑以相機進止以固榆關，以聯毛帥。”大兵所到之處，“舳艫相接，奴酋膽寒。”後金放棄“金、復不守，而以西虜二萬人守蓋”。這時袁可立的佈局還有一個重要目的就是大兵壓境震懾南四衛，以圖策應後金復州總兵劉愛塔反正歸明。
天啟三年六月初四，袁可立令屬下的兩鎮兵馬奇兵出襲，“督兵過海，乘虛搗之”。“時星馳至壘，恍光弼之按子儀軍也。” 沈有容起兵“自皇城島掩襲旅順南四衛”策應於南，毛文龍“自皮島掩襲鎮江九連城”抄襲於北。“巡撫袁可立使總兵沈有容以舟師赴島上，與毛文龍連兵應之。”“（袁可立）命總兵沈有容於三月十三日率兵出海相機接應。去訖四月內，賊見登兵北來，毛帥之兵又交相接應，……五月登兵與島帥佈置相應。” 當年七月初二日，張盤率領軍隊和登萊招撫的遼民混編的隊伍一舉打下金州，乘勝收復要塞旅順、望海堡和紅嘴堡等戰略要地，使遼南數百里土地重新收歸於明朝。
天啟三年六月十八日，總兵毛文龍則自統八千馬步精銳，從鎮江、湯站一路進擊剿殺，後金軍隊疲於奔命，於二十八日“至鎮江、湯站、鳳凰城等處安營下寨，以圖進剿”， “四面出奇以躡其後”，“從昌城過滿浦以搗其巢”。朱家龍從千家莊出擊，王輔從鳳凰城進軍，曲承恩出兵昌城，易承恩直搗滿浦。“復地自金州至永寧堡、旅順、岫巖、蓋州……湯站、鳳凰城並鎮江一帶，計地千有餘裡。”
袁可立設計策反後金女婿劉愛塔，夜襲金州，收復旅順，連克金、復、蓋三衛及紅嘴、望海、永寧等多堡要地，收復遼南三衛及海島疆土千餘里，明朝大部分沿海要地失而復得，後金“四衛已空其三，沿海四百餘里之地奴盡棄之而不敢據，所餘者酉虜千人而已。”金州、旅順和復州、永寧等地的收復，在遼海開闢了遼東戰場的新局面，使登萊、旅順、皮島、石城、寬靉等地連為一條弧線，對後金形成了一道新的屏障和包圍圈，不但解除了後金對山東半島的軍事威脅，也令明朝千里海疆重新得到鞏固，形成了對後金的海上軍事封鎖，加重了後金佔領區內戰略物資的緊張狀況。
袁可立是明金交戰史上罕見的能向前推進防線並收復失地的傑出將領，充分展示了他作為一代軍事家的智謀和韜略。自後金與明交戰以來，攻城掠地，戰無不克，明將談金色變，能勉強守住訊地者就稱“大捷”。袁可立出鎮登萊節制遼海，直接把戰線推進到後金既佔領土南四衛北端腹地，而劉愛塔被策反更讓金人蒙羞。甚至毛文龍部直逼其老巢，給後金帶來了交戰以來從未有過的夢魘。可以說，袁可立是滿清碰到的真正對手和死敵。
滿清取得政權後，康乾兩世大興“文字獄”，在自己編修的《明史》中對曾經影響過明清戰爭史的重要人物袁可立、劉愛塔等一概削去不立傳，毛文龍也僅以寥寥數語附於他傳之後。陸時化的一部書畫著作《吳越所見書畫錄》竟然因為“《袁節寰墓碑》，犯時忌，禍幾不測，先生急取板稿盡毀之。”
終清一朝整個史界對袁可立十分忌憚，所涉傳記史料均遭刪削。迄今所見董其昌《容臺集》各個版本均被抽毀篡改而找不到《節寰袁公行狀》隻言片語。
金陵陷落後，其子袁樞當四十五歲，秉父志“死忠死孝”不仕滿清，抑鬱絕食數日而卒。因保城有功，睢州人屢請，死後六十年才得以被清政府入祀鄉賢祠。“
直到清光緒十七年，“袁尚書大石坊”仍被睢州知州王枚以“年久失修”為藉口強行拆毀。
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