顯然，道金斯的這本書名起的雖說不是很明智，卻無疑很討好。因為它不僅滿足了大眾窺探人性陰暗心理的好奇心，而且看上去也為人性的自私提供了某種生物學上的依據。這麼說絲毫不誇張，不止大眾會產生如此這般的認識，就連科學界的人士也不例外，否則，這本書也就不會在出版以後引起巨大的爭論了。
從這本30週年紀念版的簡介中可以看出，道金斯本人對於書名引起的爭論似乎很是惱火，對公眾和科學界曲解他本意的做法始終難以釋懷，以至於通篇的失望之情溢於言表。為此，他不惜筆墨對“自私”一詞作出不厭其煩的解釋，試圖扭轉公眾和科學界對他的誤解。因為他沒有料到，“自私”真的會帶來“煩惱”。
“自私的基因”是一個陳述句的表述，它所傳達的信息無疑就是“基因是自私”的，這沒什麼可爭辯的，除非改成“不朽的基因”或者“合作的基因”，才有可能避免因詞語選擇帶來的曲解和誤會，這也是用不著反駁的。然而，他還是拒絕了同行們的好心建議。
既然如此，我們不妨作進一步的思考：或許，真正的問題只在於，道金斯的“自私”和我們所理解的“自私”能否劃上等號？兩者說的是否是一回事兒？換而言之，我們是否真正理解了道金斯所說的“自私”的含義？
我的看法是，如果加上一個限定用語，即在事實描述的層面上，道金斯的說法並沒有錯，基因的確是自私的。對“事實”的限定，可以看作是理解道金斯基因自私說的關鍵。因為任何關於事物的描述或者無論是看法、念頭、主張、見解還是觀點、思想、理論、學說等等，都要加上限定才有意義。否則，就是雞同鴨講，對牛彈琴，枉費口舌，浪費感情。
按照道金斯在書中的定義，“自私”是指一個實體犧牲對方的利益從而增進自己一方利益的行為，而“利益”指的是提高自己的生存機會。簡單一點，可以理解為“損人利己”的行為。基因的表現便是如此。生物個體可以死亡，但基因卻始終從一代傳至又一代，循環往復，從不會死去。在物種的演化過程中，基因複製的差異性最終造成自然選擇，“好”的基因被延續下來，“壞”的基因被淘汰消失，生存競爭、適者生存，實際上在基因的層面上便已經開始了。這也就是作者將自然選擇的基本單位視為基因而不是個體或者群體的原因所在。
因此，如果把基因的選擇——“好”的基因幹掉了“壞”的基因——視為提高自己生存機會的行為，那麼在上述自私定義的限制下，就不難理解何以道金斯要說基因是自私的了，並且還把人比喻成基因的生存機器或工具。
這裡，“好”基因與“壞”基因是我的說法，道金斯沒有這樣表述，但意思差不到哪去。總體上，是某些基因相對於另外一些基因獲得了生存機會的現象，這種現象的體現即行為被道金斯描述為基因的自私。
不論是“好”基因還是“壞”基因，包括“自私”一詞也一樣，都屬於一種擬人化的用語。在科學中，擬人化的敘述方式是避免不了的，特別是面對大眾普及的層面。當然仍須小心對待，因為一不留神兒，就有可能造成不必要的誤解。道金斯自然知曉這一點，所以在這本30週年紀念版的簡介中專門對此做了解釋。他的思路，可以視為一種看待事物方式的不同，就如水往低處流這樣一個普遍的自然事實，在中國古代詩人的筆下，會由衷地生出“飛流直下三千尺，疑是銀河落九天”的壯麗意境，可在一個砍柴種田的山野村夫眼裡，那不過是一道毫不起眼的山澗溪流，走累了可以喝一口解解渴罷了。達爾文從個體生物的演化角度推演出自然選擇理論，而道金斯則是從基因的視角看待自然界，只是“不同的觀察方式，而不是不同的理論”，差別只在於上面談論到的自然選擇的基本單位的不同。
作為一個行為生態學家，道金斯寫作此書的目的是為了從“基因的自私性”這一基本法則的角度來解釋個體行為的自私性和利他性（如果沒理解錯的話，道金斯眼裡的利他仍然是建立在利己基礎之上的，本質上依然是自私，雖然他更多地強調，這本書談論的重心是在利他主義上），認為“這種基因的自私性通常會導致個體行為的自私性”，因而“我們生來就是自私的”。不過，因為基因是自私的，所以人是自私的，這成立嗎？我們知道，基因的自私是生物層面上的現象，但是人的自私卻屬於社會行為，即便自私的基因的說法成立，將生物層面的現象簡單地鏈接到社會行為上來，總歸給人以牽強附會的感覺，說的乾脆點，用實然領域來解釋應然領域，用事實來代替價值，是否行得通？
當然，我們不必懷疑一個生物學家的學識與真誠，以為其故意在誇大其詞、譁眾取寵。他之所以惱火，我想原因在於人們常常會不自覺地把基因的自私性當成某種決定性的因果解釋，不假思索地用來為人的陰險、狡詐、虛偽、荒謬作辯護的理由，進一步的延伸甚至更加危險，那會不可避免地引證出膚色歧視、性別歧視、人種優越說乃至種族主義的合理性。
我們自然不能簡單地作此無限制地聯想和隱喻。對於這種不自覺的意識，道金斯也不是沒有所警惕。在本書的第一章裡，他明確提出了三個“不準備論證”，試圖撇開蘊含在基因演化與文化演化之間糾纏不清的關係。第一個便是上述事實與價值的問題，聲明自私的基因是基於事實層面的描述，意即是一種客觀存在的現象，不應與我們應該怎樣的主觀意識混淆起來。但我懷疑，從基因的自私（事實）推論到人的自私（價值），是否能夠分得那麼清楚？否則，他的言論也就不會引起誤解了。另外，他也不承認由於基因是自私的，所以我們就必須屈從於自私的基因的觀念。然而，這一看似支持後天習得的人性觀，他卻有意迴避開來，並不採取任何立場，這是他不準備論證的第二點，即本性與教養之間的孰是孰非。但我覺得，從他整本書的宗旨來看，即便他承認教養的作用，也無害於他提出的基因自私性的觀點。或許是我沒弄明白他的本義吧。第三點是“不對人類或其他某一種動物的行為細節進行描述”，這一點他想表達什麼我倒是真沒弄明白，難道還是想規避把基因的自私性問題上升到社會的層面上去？
考慮到道金斯並不否認利他行為，也就是說，即便基因真是自私的，也並不排除基因可以有利他的行為，它們之間不是非此即彼的選擇，兩者完全可以相互共存，並且極度厭惡“一個單純以基因那種普遍的、無情的自私性法則為基礎的社會”，我們似乎應該給予其“同情地理解”。但不管怎樣，正如美國生物學家埃裡克在評論道金斯時說道：“與其稱基因自私自利，不如說它們通力合作，形容基因自私自利，或多或少有些誤導。”
事情確乎如此，看來無論如何他都沒法撇得乾淨。歸根結底，自然選擇取決於差異性，在根本上——不是指生物體層面而是指分子層面——是隨機的，基因的複製是無意識的和無目的，並沒有人的心理特徵，如此一來何談什麼“自私性”？難道非得用一種極易引起誤解的擬人化用語來表現這樣一種低級的、底層水平上的演化嗎？或者，你能說水往低處流，為了奔騰到海不復還的天擇誘惑，水就是自私的嗎？
總之，問題可歸結為一句話，我們究竟應該在何種程度、何種層面上來談論“自私”？
要領會道金斯的“基因決定論”（引用一個他不喜歡的說法），正如前面已經闡明過的一樣，換一種表述則為，需要在本書的特殊意義上——“
趨向於某些特性的進化過程”來理解。雖然，“進化”一詞本身尚可作進一步的商榷。同時，“自私”與否，實際上可視為一個定義的問題。因此，在有限的、事實的、現象的層面上，“自私的基因”的說法並不是不可接受的。同樣，自道金斯提出基因的“自私”以來，基因的“合作”也一下子流行起來，類似這樣的用語都具有“擬人化”的特徵。其實，說到底既不存在什麼基因的“自私”，也不存在什麼基因的“合作”，儘管我們常常不得不用這樣一些詞語來描述自然現象，就像量子力學中的量子“糾纏”一樣，換一種說法便是量子的“合作”行為。
道金斯說：“在這個世界上，只有我們，我們人類，能夠反抗自私的複製基因的暴政。”這無疑是他對自己的基因自私說的一種宣示。是的，我們的人性是基於基因演化和文化演化的共同作用並且還應該認識到特別是文化演化的產物。我們當然受基因控制，但人之所以能夠作為天地萬物的主宰者，乃在於人是宇宙中唯一可以甚或完全擺脫基因控制的生靈，不然的話，我們又會是什麼呢？又將會是什麼呢？
我們可以談論“自私”，也可以談論“合作”，只要分得清限度，適可而止就可以了。我以為，這也是道金斯的想法。即，你相信什麼，取決於你怎麼去理解它。
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