明萬曆二十一年（1601年），努爾哈赤整頓編制，規定300人為一牛錄，5牛錄為一甲喇，5甲喇為一固山。初置黃、白、紅、藍4色旗，編成四旗。萬曆四十三年（1615年）增設鑲黃、鑲白、鑲紅、鑲藍4旗，八旗之制確立。滿洲（女真）社會實行八旗制度，丁壯戰時皆兵，平時皆民，使其軍隊具有極強的戰鬥力。
隨著努爾哈赤與皇太極征服地域的擴大，降附的蒙古、漢人逐漸增多，將這些人編入原來設立的滿洲八旗中，不僅會使各旗的人口過度膨脹，而且民族、兵種不同，也不適於混編。努爾哈赤遂於天命年間始設蒙古旗，至皇太極天聰九年（1635年）編成蒙古八旗。皇太極於天聰五年（1631年）先編一漢軍旗，至崇德七年（1642年）完成漢軍八旗的編制。至此，滿洲、蒙古、漢軍各為八旗的制度臻於完善。
入關前，八旗中的正黃、鑲黃兩旗由汗王（皇帝）直接統領，其它6旗分別由汗王的子侄統領。順治八年（1651年）多爾袞死，順治帝親政，收多爾袞所轄的正白旗歸皇帝統領，於是形成了上三旗與下五旗。
清入關伊始，為加強軍事防禦，分別令八旗兵在京師與各地駐防，直至18世紀中葉，八旗營區終於系統地分佈於全國的軍事要地，實行永久性的駐紮。
清代編入八旗的“旗人”與不在旗的民人受到完全不同的待遇。入關伊始，清廷即採取了大規模的“圈地”活動，圈佔民人的大批良田劃歸旗人；豁免旗人的稅賦與勞役。優惠政策造成了旗人的頹廢和寄生性，致使其後代騎射荒廢，甚至出現“生計”問題。
八旗制度與清政權相始終，它既是清王朝取勝的重要因素之一，也使清王朝最終走向衰敗沒落之路。
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