公元1401年，燕王朱棣率領的靖難軍經過長達兩年的作戰，先後或挫敗，或殲滅建文帝朱允炆派遣平叛的精兵猛將。雖然朱棣多次取得輝煌勝利，但是燕軍總體上已經呈現出萎靡之勢。因為燕軍以一隅之地對抗全國，連續作戰的燕軍經常得不到有效補充，這一點從燕軍圍攻濟南三月不下以及頓兵大名城下卻補給中斷就可以明顯看出。限於戰爭潛力的制約，燕軍所佔據的不過是北平（北京）、保定、永平三地。燕王也清楚長久乾耗於黃河以北之地，絕對不是良久之計，所以他需要一個新思路來打破僵局！
這時，一批被罷黜的宦官來到燕王朱棣大帳向其報告了南京城內空虛的實情，為了反敗為勝，燕王朱棣決定“避攻城鎮，疾趨京城”。這年十二月，燕王“臨江一決，不復反顧”，揮師南下，直指建文帝老巢南京城。公元1402年，燕軍攻入山東，繞過明將鐵鉉駐守的濟南城，直逼徐州。徐州守將出戰迎敵，朱棣大軍全殲其兵三千餘人，守將遂龜縮不出。此時明將平安已經率主力4萬餘人尾隨朱棣大軍到了徐州之地，朱棣於是回頭與之數次交戰，皆大勝。平安被俘，其部下隨之崩潰。自此，明軍淮河以北主力已經喪失殆盡。
這年五月，燕軍強渡淮河，擊敗迎戰的盛庸軍，又連續攻破揚州等地，乃駐兵長江北岸，遙望南京城頭。建文帝大懼，立即派人與之議和，燕王不從。六月，燕王大軍自瓜洲渡過江，再敗盛庸大軍且連攻破鎮江，龍潭，威逼南京城。6月13日，燕軍直抵南京金川門，谷王朱橞與李景隆開城迎降，朱棣大軍入城。至此，歷時四年的“靖難之役”結束。燕軍進城時，宮中突起大火，為防建文帝趁亂走脫，燕王朱棣慌忙下令禁閉宮門，派人仔細搜索數日以求拿獲建文帝，卻不見建文帝蹤跡。焦急又無奈的燕王朱棣聽聞建文帝自焚而死的傳言，果斷聽從臣下建議，禮葬了火中遺骨，以斷絕建文帝支持者的復國念想。
但是對於建文帝的結局，自古以來雖然眾說紛紜，卻有兩種說法流傳最廣。一是自焚說，二是出亡說。自焚說的記載源自《太宗實錄》，但是人們卻懷疑是太監代死以使建文帝金蟬脫殼。而出亡說則是朱允炆在危難之際得到明太祖朱元璋遺留下來的“臨難開啟盒”，用其中準備好的僧衣和度牒，以及出逃路線而逃出生天。但是不管哪一種說法，都是燕王朱棣不相信的，所以就有了後來的傳聞，即鄭和七下西洋就是為了尋找建文帝的下落。後來，清朝修《明史》，對於建文帝失蹤的記載寫了九個字，“宮中火起，帝不知所終”。
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