明朝前期發生過震驚朝野的“土木之變”和“奪門之變”，孫皇后以豐富的政治經驗及無可替代的皇太后之尊，力挽狂瀾駕馭兩“變”，對維護明朝統治和國家安定發揮了作用。
正統十四年（1449年）八月，明朝五十萬精銳兵和朝中各部重臣在土木堡遭瓦剌騎兵圍殲，率軍親征的年輕皇帝朱祁鎮被俘，並被挾持繼續攻掠明朝北方重鎮，京師告急，明朝陷入空前危機。經過短暫混亂後，孫太后果斷擯棄了部分朝臣的南逃主張，採納了兵部侍郎于謙等主戰派的意見，相繼採取了讓皇帝之弟朱祁鈺即位，是為景泰帝，尊朱祁鎮為太上皇，立朱祁鎮之子朱見深為太子，積極調兵遣將堅守北京等一系列正確決策，終於化解了危機。
在打退瓦剌進攻後，景泰帝戀棧皇位，幽禁被遣送回京的太上皇朱祁鎮，廢除孫太后所立太子朱見深，改立自己兒子為太子。作為“上聖皇太后”，孫太后任憑景泰帝廢立太子，悉心保護好被幽禁的太上皇朱祁鎮和被廢的小太子朱見深，維護明朝政治相對穩定的大局，靜觀時勢之變。
景泰帝命途多舛，兒子與妻子杭皇后相繼死去，且再無子嗣。景泰八年（1457年）正月，在景泰帝病重且又執意拒絕朝臣重新立太子的奏議、明朝皇位面臨傳承危機的關鍵時刻，孫太后又明確支持部分朝臣實施“奪門之變”，擁戴作為皇室嫡長的太上皇朱祁鎮重新復位，從而消除了明朝政治上的又一次危機。《明史》中“石亨謀奪門，密白於太后，許之”，則充分說明了孫太后的作用。
另外，孫太后督促她的兒子明英宗下詔，果斷地廢除了嬪妃殉葬制度。
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