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自然村是由各种原因形成的农民聚落，每个村落都有自己的成形、发展、壮大故事，如东北的自然村屯多是清末第二次鸦片战争以来开放边禁以后从关内尤其是山东迁来的流民定居繁衍而来；冀中南、河南、山东的自然村相对较大，以明朝初年山西大槐树、云贵军户迁居繁衍六百年所形成的；两广、福建、湖南、湖北、江西、皖南等南方山区受宋辽金元时期战乱影响较小，有许多千年历史的宗族聚居村落，或者南宋时南迁来的中原人（如湖南江西南部、福建西南部、广东梅州一带的客家人）；明清时期山西人口繁茂，人多地少，许多没地的农民就从张家口、杀虎口出关到冀北坝上、内蒙古地区（当时称为绥远、察哈尔）谋生，这就是有名的走东口、走西口；还有些因屯垦、守关、守陵而落户形成的军户村落。
有的村子是由一个家庭或家族聚居繁衍形成，如北方很多的王家庄、张村、郑集等，也有是多姓家族陆续迁居形成的村落，如：山东平度的高望山村，据记载：明朝洪武年间，侯姓由莱州迁来建村，定村名东庄，永乐年间，姜、刘两姓迁至，因村东北侧有一山峰名高望山，遂定村名为高望山村。东北的村屯往往是清末多个家庭迁来相邻而居发展而形成，因此是杂姓混居，与南方单一姓氏宗族经几百上千年发展成单姓大村不同。
据上世纪末的不完全统计全国有自然村落近二十万个。最近二十年来，随着城市的扩张和农村人口因务工、求学等往城市流动呈加速趋势，农村的衰落甚至消失将是必然，现在有很多自然村已经消亡，村落的历史也将随时间湮没。因此有部分有识之士在搜集整理农村聚落的历史，用于文化遗产、习俗演变、知名人物、家族历史的研究。
目前可查到的中国人口最多的自然村是位于广东省揭阳市普宁市的军埠镇的大长陇村。，全村常驻人口高达4.5万人，均为陈氏单姓聚居古村落，而且大长陇村海外华人华侨将近有20万人，遍及全球各地，也是著名潮汕地区的五大村落之一。历史上因家族聚居繁衍而产生的大村落还有很多，如安徽旌德县白地镇江村在清道光年间曾达到八万余人，且也是江氏单姓聚居村落，咸丰年间被太平天国军杀戮抢掠，大半死伤或逃亡，到如今已不足两千人。
如果想查询自然村的历史，查询当地地方志是不错的办法，地方志往往将该地人口繁衍、乡社划分、区划沿革等详细记载，或者因某村出了达官显贵或巨贤大儒而载入史册。但因为村落数量繁多，不可能一一详细记载，因此必须要深入村落去收集整理，找村中寿高长者或族长去问询了解，如有家族宗谱的往往能查到比较久的历史。除此之外，也可以在古人文章或日记中查找，但大海捞针并不容易，工作量也非常之大。希望有更多的人来做这项工作。
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自然村的形成
自然村是由村民经过长时间在某处自然环境中聚居而自然形成的村落；自然村受家族、户族、氏族、血缘、地理等因素影响，是由一个或多个以家族、户族、氏族或其他原因，在某处自然环境中人们自发形成的居民聚居点。简而言之，自然村是自发形成，即在自然形态的居民聚落。
经常见到的自然村有:大李庄、高家庄、刘家湾、大路徐家、马家河、杨家山等，都带有姓氏、地理的影子。
自然村相对于行政村而言，行政村是国家按照法律规定而设立的农村基层管理单位，其组织形式村民委员会是农村村民自治组织，下设若干个村民小组，村民小组通常是以自然村划分；自然村与行政村的根本区别在于行政村建立村民委员会和党支部委员会，而自然村则一般只是建立村民小组，隶属于村委会。
自然村的考证依据
自然村落是当今最大非物质文化遗产，如今随着社会的发展，城市化进程的推进，大量村庄拆迁转移，原来的自然村正在消失、逐年减少。
对于查询了解自然村的历史目前主要有以下几种途径:
①官方文献，地方志、县志，如今有的省份已经完成自然村落历史人文普查，这就为查阅自然村历史提供了依据，如广东省根据13万多个自然村的历史人文状况编纂成《全粤村情》；
②地方文献，族谱、村志，一些村落的大族中都有族谱，族谱对村落的形成就有记载，另外民间一些贤士自发编纂村志也是考证自然村形成的重要资料；
③官方机构，查询自然村的形成可以到县文史办、史志办、博物馆、文化馆等官方机构进行查询；
④民间搜集，在民间可以搜集民间传说或者请教村中长者，毕竟每个自然村的形成都有一定的文化传承，这些传承都是经过一代代口口相传的。
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查询自然村的历史可以通过以下途径：
一、村里的姓氏族（家）谱；
二、历朝村民的地契、合同、婚丧嫁娶等的书面或器物及器物（包括碑、砖、木、金属等）上的文字叙述等；
三、村内年长者的口述历史；
四、村志；
五、镇/乡志；
六、县志；
七、市州府省志；
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一般没有史家专门记录村史。建议通过本地人所著文章、书籍，以及当地县志查询相关沿革资料等。
