在金庸武侠小说中，少林寺这个名字经常出现，在连载版的金庸武侠小说中，基本上是遵从“天下武功出少林”的原则，比如金庸笔下的“九阴真经”和“九阳真经”都是出自于达摩老祖。只不过后来因为这两门真经的武学实为“射雕三部曲”的顶级武学，却都不是中原武林所创引起一些书迷的失落，连《倚天屠龙记》里“乾坤大挪移”心法和圣火令武功也是外邦传入却成为威震武林的绝学，故此在三联版中金庸把“九阴真经”的作者从达摩老祖修订为黄裳。
尽管如此，少林的武功在金庸武侠小说中仍具有崇高的地位，少林的七十二绝技名扬天下，再加上少林的“九阳神功”和“金刚不坏神功”都是武林中顶级的武学，少林寺基本一直是卧虎藏龙高手辈出之地。然而，在金庸武侠小说中少林的武功秘籍却总是被盗而外流严重，比如在《倚天屠龙记》中大放异彩的“九阳神功”，通过觉远大师之口辗转外流，张君宝、郭襄、无色大师三人根据“九阳神功”部分口诀，分别创书武当九阳功、峨眉九阳功和少林九阳功，武当峨眉的武功与少林武学有着很深的渊源。
另外，在少林寺的火工头陀偷学少林“大力金刚指”和“金刚般若掌”等绝技后，打死达摩堂首座苦智闯出少林，跑到西域自创金刚门，赵敏手下的阿大和阿二都是这位火工头陀的弟子。少林武功除了机缘巧合外流之外，也有一些少林大师主动传授俗家弟子武功的情况，比如《天龙八部》中的萧峰，别人只叹服萧峰将丐帮的降龙掌和擒龙手重新发扬光大，却忘了萧峰的武功根基是少林的玄苦大师给打下的，并且还传给萧峰少林七十二绝技中的降魔掌和龙爪手等武功，虽然日后萧峰成了丐帮帮主，但是他的内功却是少林正宗。
除了少林本身的武功外流之外，存放在少林的神功秘籍也总是被偷而外流出来，比如《笑傲江湖》里的顶级武学“葵花宝典”原本是存放在莆田少林寺之中，由方丈红叶大师看管却华山派的岳肃和蔡子峰偷阅而外流，从而为华山派引起大祸。日月神教为了“葵花宝典”秘籍与华山派大动干戈，而奉师命前来拿回“葵花宝典”的渡元禅师却没回少林，他凭借“葵花宝典”的断句残章而自己所悟出七十二路“辟邪剑法”，化名林远图威震武林。
而在《天龙八部》之中，其貌不扬的扫地僧的出场让人大为惊叹，他一出手就让“北萧峰南慕容”自愧不如，就连偷学少林绝学多年的萧远山、慕容博、鸠摩智在扫地僧面前也是不堪一击。虽然扫地僧站在佛法的制高点上，成功用佛法感化了萧远山和慕容博，并且化解了两人之间的恩怨。但是，不得不说这位躲在少林藏经阁的扫地僧的做法让不少人大为不解，那就是慕容博、萧远山、鸠摩智等人先后来藏经阁偷学少林绝学，扫地僧不但不阻止他们防止少林绝技外流，还好心地放本相应的佛法典籍在三人常翻阅的武功秘籍旁边，以便让他们能更好地练少林绝技。
需要知道《天龙八部》一开篇，就是为了防止少林等中原武学外传，带头大哥这才率领武林豪杰去雁门关拦杀萧远山一家，这虽然是被慕容博的诡计，却可以反映出少林对维护门派绝学不外流的决心，因为这位带头大哥就是后来成为少林方丈的玄慈。萧远山去少林寺偷学少林绝技本身就有心将这些武功外传散布出去，以雪当年雁门公之恨。而慕容博早就把这些少林绝技外流，比如曾指点鸠摩智练少林七十二绝技的武功，后来鸠摩智也到过藏经阁偷学少林绝技，然而扫地僧依然置若罔闻。
少林的武功闻名遐迩，又有不少少林名僧广收俗家弟子，所以说少林武功本就外流很严重，这才有了天下武功出少林的原因所在。还有一些心术不正的人也混入少林只为改头换面躲避仇家，比如《倚天屠龙记》里的混元霹雳手成功，他拜少林空见神僧为师其实就是另有所图。而这类人达到目的后，随时可能叛出少林而将其武功外流。
少林对别人以少林武学为基础另创新境来开宗立门派的做法也无敌意，毕竟少林的武功博大精深，单单是这少林七十二绝艺，常人即便是耗费一生心血也很难全部练会。不过，金庸笔下少林武功或存放的神功秘籍外流出去的情况确实很严重，而扫地僧这样的得道高僧对慕容博、萧远山、鸠摩智来偷学少林绝技并不阻止，其实可以看出这位神僧的境界已到了无门户之见、无国度之见的地步。武功与武器一样，可以伤人作祸也可以锄强扶弱，而宏达的佛法与慈悲的心境才是正确掌握武功或武器的法门。
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