袁世凱懷揣著太后保護“義民”的懿旨走馬山東之後，他頂著巨大的政治壓力對義和團進行“明撫暗剿”。要知道，這可是違抗朝廷最高決策的殺頭之罪。但是經歷過朝鮮東學黨叛亂的袁世凱，十分清楚如果不馬上制止這場運動，那麼朝廷將會陷入萬劫不復的境地。當初的東學黨起義將朝鮮變成了日本的殖民地，眼前的形勢與當初的朝鮮是多麼的相似，所以袁世凱堅決不能允許朝鮮的歷史在自己身上重演，這就是袁世凱堅決清剿義和團的原因。
山東地區的義和團被袁世凱驅逐出境後，八國聯軍也打到了北京。當時別看北京打的熱火朝天，又是圍攻使館，又是狙殺洋人，但山東地區確實一點事情都沒有，於是乎，袁世凱得到了山東百姓的一致好評。
教育興邦，實業救國
慈禧太后領著光緒跑到西安後，終於下定決心進行一場具有封建主義特色性質的變法改革。這次的改革中，有兩人表現的特別突出，一個是張之洞，另一個就是袁世凱。
張之洞就任湖廣總督時，便以“中學為體，西學為用”的八字方針，建設了漢陽兵工廠、鋼鐵廠，我們現在經常在抗日電視劇中聽到的漢陽造，就是漢陽兵工廠生產的。太后決定維新改革後，張之洞率先在武漢建立了方言學堂（武漢大學），為啥叫方言學堂？因為在張之洞老先生眼中，英語就是和其他的地方方言一樣，所以叫方言學堂；然後又建立了兩湖大學堂。張之洞所建立的這兩所學校，是當時輸出留學生最多的，居全國之首，後期的黃興、宋教仁都出身於這兩所大學（幸虧慈禧死的早，不然張之洞免不了被一頓好打）。
袁世凱於這段時期在山東建立了四年制免費義務教育小學，以及第一所地方性大學——山東大學。
袁世凱所建立的大學堂是小學、中學、大學一貫制，共分四級，第一級稱“蒙養學堂”，挑選7至14歲的幼童，學時八年，講習經史，並授以簡易天文、地理、算數。畢業後進入第二級稱“備齋”，學時二年，講習政治、藝學。畢業後升入第三級“正齋”，研讀四年，分科為中國經學、中外史學、中外政治學、方言學、商學、工學、礦學、農學、測繪學、醫學共十門。畢業後升入“專齋”，以二到四年為期。每年經費預算六萬兩，聘請美國人為教習。
中國士大夫階級都有濃厚的重農輕商的觀念，袁世凱則認識到商業的發達能夠富國裕民，所以他在山東提倡農商並重，並且首創商務總局，又設籌款總局，整飭土藥、菸酒等各項雜稅釐捐，並且派人到日本學習日本銀行鑄造銀元到辦法和章程，以及印刷鈔票的辦法等等。
袁世凱
公務員薪酬改革
袁世凱與張之洞兩人英雄所見略同，二人提倡的改革意見都是“實業救國，教育興邦”。但是，但論改革的氣魄上，張之洞照比袁世凱還是差那麼一些的。
後期的袁世凱我們暫且不表，這一段時期內的袁世凱絕對可以稱得上是一個偉大的改革家，他敢於改革、勇於創新、不懼風險的氣度，非常令人欽佩。
袁世凱本身就是一個行賄高手，雖然行賄不是他的愛好，但是腐敗橫行的官場，你不得不與人同流合汙，所以袁世凱對官場腐敗是認識深刻的。所以，他接下來要重拳出擊的就是公務員薪酬改革。
袁世凱把過往官員們撈錢的潛規則系統、明瞭的統計出來，摺合成一定數額，作為各級官員的公開收入，合法按月發放，如果有人再敢貪汙，一經發現，永不錄用——這就是我們今天所說的高薪養廉，陽光工資法。
想法雖好，但是好像缺少一個監督的環節，沒關係，袁世凱已經想好了解決方法，那就是西方的三權分立。雖然當時還不能實行，但是三權分立是解決袁世凱弊政的最行之有效的方法——袁世凱這個時候就已經盯上了民主憲政了。
建立警察隊伍，修建鐵路
李鴻章死後，袁世凱被保舉為直隸總督兼北洋大臣。這時，已經在西安住了兩年的慈禧準備回京，為了讓慈禧平平安安、高高興興的回京，袁世凱必須解決兩個問題，一個是安全問題，一個是交通設施問題。由於《辛丑條約》規定，清政府不得在天津以及天津至北京鐵路沿線派兵把守，所以慈禧一行人的安全問題得不到保障。
袁世凱思來想去，從自己的部隊中抽調三千精兵，換上警察的衣服，隨著袁世凱進入天津護衛慈禧，這就是中國最早的警察隊伍，袁世凱任命趙秉鈞為統領。
詹天佑
第二個問題就是通行工具，袁世凱的想法是讓老佛爺由天津乘火車入京，讓老佛爺喜歡上火車，這樣就為以後修建鐵路掃平了障礙，為此，袁世凱還費了一番苦心的找到一列豪華列車——龍車，供慈禧等人乘坐。但是這些人都沒坐過火車，不知是否反感。後來由袁世凱的拜把子大哥李蓮英先試乘了一段，眉飛色舞的李蓮英回到老佛爺身邊一頓神吹，把慈禧忽悠的興高采烈的就登上了火車，下車後，慈禧表示鐵路一定要建，而且建鐵路一定要成為大家的工作重心。袁世凱的心願終於達成，不過這列火車的結局不是太好，幾十年後，張作霖乘著這列火車在瀋陽皇姑屯被炸死。
慈禧既然已經發話修建鐵路，袁世凱當然不再客氣，馬上找到賦閒在家的詹天佑，專門為慈禧祭祖修建了一條鐵路——新易鐵路。從此，詹天佑一發不可收拾，不久之後便與袁世凱二人攜手，策劃並完成了巔峰之作——京張鐵路。
連袁世凱都沒有能力廢除的科舉制度
袁世凱十分痛恨科舉制度，於私來講，袁世凱兩次落第，成為袁世凱心中永遠的痛，因為沒有學問傍身，袁世凱在朝中沒少看人家的白眼；於公來說，科舉制度已經成為當時培養新型人才的攔路虎。於是袁世凱聯合當時同樣看清事實的張之洞，聯名上奏慈禧，廢除科舉制度，不過奏摺很快就被打了回來，可見當時的守舊派還是非常的頑固的。
張之洞
開辦軍校，廣收門徒
眼看著歷次的戰爭失敗，袁世凱敏銳的意識到，高素質的士兵好練，但是高水平的現代軍事將領不好培養，所以袁世凱於保定開辦了一所軍校，北洋陸軍速成武備學堂，培養新式軍官——保定軍校。自此之後的很長一段時間，能與保定軍校所抗衡的，就只有後期的黃埔軍校。
看看袁世凱的學生們吧：吳佩孚、孫傳芳、蔣介石、李濟深、葉挺、張治中、傅作義、陳誠、白崇禧、劉文輝、陳銘樞、鄧演達......額，都不是省油的燈。
不久之後，袁世凱又編練了北洋六鎮之兵，除第一鎮袁世凱無法掌控之外，其餘五鎮都成為了袁世凱的嫡系部隊，其中的軍官都是袁世凱的保定軍校培養的學生。
這個時期的袁世凱是相當有所作為的，他所實踐的政策都是實打實的新政，只不過他比康有為等人更加務實，時機選擇的非常恰當，所以才會使這些新政全部落地，從這方面來講，用維新實幹派評價這個階段的袁世凱，一點都不為過。
袁世凱不僅僅實行了新政，而且還從各國列強手裡收回了不少鐵路權、稅務權等等，這個時期的袁世凱，於國於民，都做了不少好事。
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