故宮的格局分為“外朝”和“內廷”兩大部分，中間以乾清門為界限。乾清門以南的區域，是皇帝臨朝理政以及舉行慶典的場所，以三大殿為主。乾清門以北則是皇帝及后妃們的居住之所，也就是後宮。
清朝嬪妃最多的皇帝是康熙帝，登記在冊有名分的總共有55人，其次是乾隆帝，共有後妃52人。現任皇帝的女眷加上前任皇帝的女眷，都住在後宮之中。後宮可以說是等級最森嚴的地方，無論衣食住行都體現著身份的差別。
後宮中軸線由南向北是乾清宮、交泰殿、坤寧宮三大正宮，康熙之前的皇帝一般住在乾清宮東西暖閣之內，從雍正之後的皇帝開始移居養心殿，養心殿也是乾清宮的一部分。三大正宮兩側是東西六宮，分別住著當朝皇帝的皇后及嬪妃。
清朝皇家有一項制度，上任皇帝的嬪妃不能與當朝皇帝的嬪妃住在一個區域內，所以東西六宮只能住當朝皇帝的女眷，而那些太后、太妃們就必須另選住處。紫禁城中有一處宮殿被叫做太后專區，這是專為太后太妃們準備的養老之所。
這處宮殿就是慈寧宮，孝莊文皇后是清朝入關以來的第一位皇太后，她是順治帝的生母，又是康熙帝的祖母，自然就成了清朝在慈寧宮的第一位主人。公元1653年，孝莊文皇后開始移居慈寧宮，到1688年孝莊辭世，居住時間長達35年之久。
孝莊文皇后一生歷經皇太極、順治、康熙三朝，對於維護清朝皇室團結，穩定清初政局做出了卓越貢獻。順治、康熙兩位帝王都是幼年即位，後來康熙能成為“千古一帝”與孝莊的盡心輔佐密不可分，因此康熙與孝莊皇祖母的感情非常深厚，可以說孝莊是康熙最親近之人。
孝莊文皇后在75歲時生了一場大病，康熙帝曾向上天祈禱：“願減臣齡，冀增太皇太后數年之壽。”最終孝莊未能挺過這一劫，病逝之後，康熙帝悲痛萬分，為了紀念功勳卓著的皇祖母，康熙下令把孝莊的靈柩停放在慈寧宮中，並打算把慈寧宮改為“享殿”，用來供奉牌位。
康熙的打算受到群臣的異議，加上不合清朝祖制，康熙只好作罷。慈寧宮因為孝莊文皇后的身份，拔高了入住的級別。雍正的生母孝恭仁皇后，在雍正即位的第二年就病逝了，沒有機會入住慈寧宮。而雍正帝的皇后，在雍正九年時辭世，也沒有成為皇太后的機會。
等到乾隆即位時，乾隆生母被尊封為崇慶皇太后，雖然已貴為皇太后，但崇慶皇太后卻認為自己無法比肩被稱為“大清聖母”的孝莊文皇后，身份無法匹配慈寧宮的地位，冒然遷居恐鎮不住這座宮殿，始終不肯居住。乾隆皇帝只好在慈寧宮旁另建壽康宮，給母后居住。
此後慈寧宮成為宮中禁地，自1688年孝莊離世之後再無人居住。及至咸豐帝駕崩，東太后慈安居住於東六宮中的鐘粹宮，而西太后慈禧居住在西六宮中的長春宮。後來慈安太后離奇猝死，慈禧成為後宮之首，並執掌清朝大權。
慈寧宮象徵著後宮除皇帝之外的最高權勢和地位，慈禧已經成為清朝的實際掌舵人，完全有資格入住慈寧宮。但慈禧太后寧願把儲秀宮修繕一新，移居儲秀宮，也不願意搬到慈寧宮居住，這是為什麼呢？
雖然慈寧宮已閒置近200年，清朝後期缺乏資金維護，但只要慈禧太后想住，重新修繕絕對不是問題。關鍵是康熙曾打算把慈寧宮改為享殿，這令慈禧認為不吉利。另外，慈寧宮這麼多年來人跡罕至，產生了很多與慈寧宮有關的鬼神傳言，慈禧悖逆祖制，後宮篡政，如果住到慈寧宮中，在神靈之下必然心神難安，也不排除對於孝莊文皇后的敬畏之心。
慈禧晚年選擇居住在儲秀宮，因為她在這裡誕下了同治皇帝，母憑子貴由蘭貴人晉封為懿妃、懿貴妃、直至聖母皇太后。儲秀宮是慈禧的發跡之地，所以在紫禁城萬千宮殿之中，慈禧獨獨鍾情於儲秀宮。清朝滅亡後，昔日皇宮成為故宮博物院，雖然大部分都已對遊人開放，但慈寧宮卻一直被封禁，直到建院90年時，慈寧宮才解開神秘的面紗，對世人開放。
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