《國家稅務總局關於逾期增值稅扣稅憑證抵扣問題的公告》（國家稅務總局公告2011年第50號）規定，企業發生真實交易但由於客觀原因造成增值稅扣稅憑證逾期的，經主管稅務機關審核、逐級上報，由國家稅務總局認證、稽核比對後，對比對相符的增值稅扣稅憑證，允許納稅人繼續抵扣其進項稅額。
（注：國家稅務總局公告2018年第31號修改為“逐級上報至省稅務局”）客觀原因包括如下類型：（一）因自然災害、社會突發事件等不可抗力因素造成增值稅扣稅憑證逾期；
（二）增值稅扣稅憑證被盜、搶，或者因郵寄丟失、誤遞導致逾期；
（三）有關司法、行政機關在辦理業務或者檢查中，扣押增值稅扣稅憑證，納稅人不能正常履行申報義務，或者稅務機關信息系統、網絡故障，未能及時處理納稅人網上認證數據等導致增值稅扣稅憑證逾期；
（四）買賣雙方因經濟糾紛，未能及時傳遞增值稅扣稅憑證，或者納稅人變更納稅地點，註銷舊戶和重新辦理稅務登記的時間過長，導致增值稅扣稅憑證逾期；
（五）由於企業辦稅人員傷亡、突發危重疾病或者擅自離職，未能辦理交接手續，導致增值稅扣稅憑證逾期；
（六）國家稅務總局規定的其他情形。
因此，在日常工作中常見的供貨商未能及時交付增值稅專用發票、辦稅人員離職等原因導致增值稅扣稅憑證逾期，可以按照上述規定逐級上報申請抵扣。值得注意的是，由於本單位採購人員等不及時報銷導致超過360天，不屬於上述列舉的客觀原因，其進項稅額不能抵扣。
對於尚未收到的發票，儘管系統中已經可以勾選，但為了避免出現申報差錯，建議不要提前勾選，等發票抵扣聯收到再勾選。
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