1402年，朱允炆在皇帝的寶座上剛剛工作了4年。7月13日，朱元璋的四兒子朱棣率領軍隊，兵臨南京城下。守衛南京城金川門的大將朱橞和李景隆，打開金川門把朱棣迎入城中。朱棣率領士兵們匆匆往皇宮趕去。他們突然看見皇宮方向濃煙滾滾，一瞬間輝煌壯麗的皇宮陷入一片火海。衝進皇宮的朱棣對朱允炆生不見人，死不見屍。
但是，以“清君側”發動靖難之役的朱棣，有個皇帝夢，這個夢今天就要實現了！怎麼才能讓自己名正言順當皇帝呢？只有朱允炆死了，才可以。於是朱棣立即命人在殘垣斷壁中尋找朱允炆的屍體。無論如何他要找到“朱允炆的屍體”，然後指著屍體向天下萬民宣告，朱允炆的確死了，這樣他就能順理成章地登上皇位了。
“宮中火起，帝不知所終。燕王遣中使出帝后屍於火中”——《明史》
不一會兒，兩個士兵果然抬著一具燒焦的屍體放在朱棣面前。
朱棣讓一個奴顏婢膝的太監上前指認屍體。那太監戰戰兢兢地朝那個黑乎乎的面目全非的屍體看了一眼。
“看清楚！這是皇上嗎？”朱棣問。
“奴才看清楚了，正是皇上！”察言觀色的太監很快領會了朱棣的用意。
朱棣撲倒在屍體旁，嚎啕大哭，邊哭邊說：“你個傻小子，怎麼這麼傻啊！”身邊的人無不為之動容。
在燕兵攻陷京師後，朱允炆）“遂闔宮自已焚燃。上望見宮中煙起，急遣中使往救，至已不及，中使出其屍於火中，還白上，上哭曰，果然，若是痴呆耶！”——《明太宗實錄第九卷》
六月二十日，朱棣率領朝中大臣，用天子的禮儀，將朱允炆安葬下陵。
其實朱棣的野心和雄心在朱允炆當皇太孫時就已經很明顯了。舉一個小小的例子：
有一天，太祖朱元璋出了一副對聯讓朱允炆和朱棣來對。他出：“風吹馬尾千條線“
朱允炆對曰：“雨打羊毛一片羶。”
朱棣則對曰：“日照龍鱗萬點金。”
朱棣的對子氣度不凡，令朱元璋十分滿意。而朱允炆的對子則顯得很平庸。
最終朱棣奪取了江山，上面的對聯卻成為二人命運的讖語。
但，建文帝畢竟是正統皇帝，他的苦難遭遇引發很多人的同情。他的性情十分仁厚，在位期間增強文官在國政中的作用，寬刑省獄，嚴懲宦官，同時改變其祖父朱元璋的一些弊政 ，給黎民百姓帶來不少福利。人們寧願相信他沒有被燒死，而是喬裝打扮成和尚隱身了。
關於朱允炆蹤跡這個事很多人都認為是個謎，因為並不知道他在靖難之役後去了哪裡，又或者是否真的死在了那場戰役中。就連歷史上對他的記載也是“下落不明”這四個字，那麼失去皇位的他到底去了哪裡呢？
朱允炆之所以能當上這個皇帝是因為他父親朱標早死，而他身為前太子的兒子又深得朱元璋的喜愛，從而得以頂替父親的位置。都是削藩不當惹的禍，刺激了當時的朱棣，於是便有了後來的靖難之役。
朱棣以“清君側”的名義發動兵變，實則想要逼迫朱允炆退位，朱允炆自然也明白其中的道理，便在朱棣兵臨城下之時火燒宮殿，隨後消失的無影無蹤。
對於朱允炆究竟去了哪裡至今沒有一個明確的說法，但關於他的傳聞卻有很多。
- 一，有說法是朱允炆在靖難之役時被朱棣殺了。
這種說法顯然是假的，朱棣當時打的口號是清君側，所以他的軍隊根本就沒有進到宮殿裡面，而是在宮殿外面駐守，想要逼朱允炆退位，朱允炆當然也會心有不甘所以用火燒了宮殿。
- 二、還有一種說法認為朱允炆其實在燒宮殿的時候就選擇了自殺，並且有人在焚燒殆盡的皇宮裡發現了穿著黃袍的屍體。
這個結論很快遭到了其他人的反駁，認為可能是朱允炆的一個手下穿他的衣服故意掩人耳目。其實這個說法也並不是很可信，因為朱棣在登上皇位之後還曾多次派人去尋找朱允炆，那就證明他知道朱允炆並沒有死於那場大火。
- 三、朱允炆去寺廟當了和尚。
相比之下這個說法就可信多了。據說，朱棣在登上皇位後一直心有不安，害怕他的侄子有一天突然出現搶奪他的皇位，畢竟他當初是以清君側的名義發兵的，皇位來的也不是很光明，如果朱允炆真的回來了，他也沒有佔著皇位的理由了。所以他就一直派人去尋找朱允炆的下落。據說鄭和下西洋其實真正的目的就是為了尋找朱允炆，看看他是否逃到了國外。另外一個負責尋找朱允炆的人是胡濙，他打著尋找仙人的幌子實則是在國內尋找朱允炆。
直到多年後的一天，胡濙突然回來向朱棣覆命，並被朱棣授予尚書一職從此以後就留在朝堂上不再外出。這大概也是因為他完成了朱棣給他的任務了吧。據說，胡濙當時和朱棣進行了長時間的談話，大致內容就是朱允炆在一個寺廟裡剃髮為僧了，現在的他年紀也已經很大了，不想著再回去搶奪皇位什麼的。而朱棣在聽到這個消息後也放棄了對朱允炆的尋找，讓他安心在寺廟度過晚年。
在1440年末，據清代吳乘權《綱鑑易知錄》一書記載，有一個90歲的來自雲南的老和尚，來到朝廷，他騙朱祁鎮說，自己就是以前的皇帝朱允炆，但因年齡不符，他的謊言被很快揭穿，被砍了腦袋，天下皆知。可這件事僅僅過了幾天，又有一個和尚說他是建文帝。他60歲和朱允炆活到當時的年齡完全吻合。朱祁鎮忙叫來五朝老太監吳剛進行辨認。太監從他腳下長有一顆大黑痣辨認出他的確是建文帝。這樣說來第一個和尚應該是專門為朱允炆去死的。
還有一說，朱允炆逃離京城後，歷盡艱辛，終於逃脫了追殺。他在湄江的觀音崖（也有稱是陝西城固觀音崖）一帶隱姓埋名，青燈古佛相伴了卻了一生，著名的藏君洞也因此而得名。
三，朱允炆跑到了國外。
這一點也不是沒有可能，畢竟他一個皇帝逃走的時候肯定會帶很多銀兩，而這些錢也足夠他跑到國外去開始新的生活。但是總的來說還是第二種可能更可信些。
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