劉裕在建康接受桓玄的優待沒幾天，打著打獵的幌子從首都逃了出來。他和何無忌等人在人群中聚集，共有100多人。一天凌晨，廣陵城門開，劉裕與何無忌等壯土懷著敢死之心，奪門而入，一舉襲殺了守將桓修。同時，事前聯絡好的劉毅與孟昶等人在廣陵奪城。第二天，劉禹被推舉為聯盟領導人，傳遍天下，正式討伐桓玄。這是一場權力懸殊的戰爭，但是劉禹身先士卒，所有的官兵都在戰鬥中犧牲，以一當百。劉裕接連以少勝多，越來越多的支持者聚集在一起。幾天之內，反桓軍隊就進入建康。
桓玄逃往西邊，在路上被他的人殺死了。劉裕駐屯石頭城，在宣陽門外焚燬桓溫神主，重新將東晉新主立在太廟中。在那一刻，劉裕成再現了全國人民的救世主。劉裕現在已成為一個聲望越來越高的國家政治人物，一群文臣武將聚集在他身邊。如果說之前他完成了從社會最底層向上流社會的轉型，那麼討伐桓玄一仗則奠定了日後劉裕代晉的基礎。在劉裕參軍前，曾擔任琅琊府主簿的劉穆之正賦閒在家。他主動響應劉裕的召喚，加入劉裕陣營，成為了謀士。劉穆之非常能幹，內管府中事務，外供軍旅給養，處理問題麻利迅速，一切事情沒有堆積遲滯的。劉裕成名後，各種人物從四面八方而來，朝野內外事務千頭萬緒，一時間讓劉裕難以適應。
劉穆之從容地處理了無數的事情。通常，他會看文件，手裡起草批閱意見，耳朵聽著情況彙報，嘴裡當場回應下屬的徵詢，不會犯任何錯誤。與劉裕團隊的蓬勃發展和積極發展形成鮮明對比的是，東晉朝廷暮氣深重，並走向不可逆轉的衰落。晉安帝司馬德宗是東晉第十代皇帝。可以說，上帝沒有祝福晉，接連到了晉代兩個白痴皇帝。晉惠帝司馬衷是個典型的白痴，這位晉安帝司馬德宗也是個白痴。
父親晉孝武帝司馬曜自己也對這個白痴兒子很頭疼，遺憾的是這個白痴偏偏是長子，只好立他為太子。真實的歷史承載明晉安帝智商很低，甚至不會說話，分不清春、夏、秋、冬。這種皇帝的統治權力是可以想象的，所以晉安皇帝的朝政總是掌握在大臣手中。晉安帝早期朝政由會稽王司馬道子掌管。司馬道子、司馬元顯父子操縱朝政，橫徵暴斂、大舉搜索民脂民膏。而東晉中期，外地將領開始擁兵自立、不受君命的弊端在安帝時期爆發了出來。
安帝登基後第三年，桓玄、王恭、庾楷等處所刺史就以清除朝中奸臣為名造反，建康城很快就看到了叛軍的旗號，朝廷政令開始到達不了建康以西的州郡。與此同時，孫恩、盧循的起義軍南北縱橫，也給了東晉沉重的打擊。402年，孫恩直接威脅建康，建康被封鎖，城內爆發饑荒。劉裕對桓謙說晉朗衰微，失去民心已久的判斷的確是真實的。
403年，晉安帝在大臣的鼓動下，親征桓玄大敗，桓玄反而進人建康，殺司馬道子，自號楚王、大將軍，成為新的主政者。桓玄篡位後貶晉安帝為平固王，逐出建康遷居潯陽。劉裕舉兵打敗桓玄後，桓玄挾安帝逃往江陵。桓玄被殺後，晉安帝在江陵復位為皇帝。誰知幾天後，桓玄的將軍桓振又攻陷江陵，再次俘虜晉安帝。直到406年3月，晉安帝才脫離叛軍之手。他下詔歷數桓玄罪狀，竭力稱讚劉裕平定桓玄之亂的功績。朝廷封劉裕為侍中、車騎將軍，都督中外諸軍事，使持節、徐青二州刺史如故。
劉裕堅決推辭朝廷的官爵，朝廷以為他是嫌官爵太小，又加錄尚書事。劉裕還是不接受，一再要求出城外地。晉安帝不允許，派遣公卿百官去勸他，還親自去劉家挽留。結果劉裕在朝塘公開申請，很快率領軍隊走出了丹坨鎮。晉安帝多次派遣使節敦勸，劉裕都不接受。於是朝堂改授劉裕“都督荊、司、梁、益、寧、雍、涼七州，並前十六州諸軍事，本官如故”。不久劉裕主管的青州被春換成兗州。這樣的官職，簡單地說，就是負責大半個天下的軍事指揮和地方行政。劉裕終於實現了從普通士兵到元帥的躍升。
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