自成吉思汗（1162年至1227年，1206年至1227年在位）統一蒙古起，短短數十年間蒙古帝國就雄霸歐亞大陸，但自第四任大汗蒙哥（1209年至1259年，1251年至1259年在位）後蒙古帝國就名存實亡。自元太祖忽必烈（1215年至1294年，1260年至1294年在位）以下的元朝皇帝，雖仍兼任蒙古大汗並擁有蒙古本部，但其統治重心已經轉移到了中原地區，金帳、伊利、察合臺、窩闊臺等四大汗國也不再聽從號令，與中國歷史上的中原王朝已經沒有什麼兩樣。
1368年元朝為明朝所滅後，最後一位皇帝元惠宗妥懽帖睦爾（1320年至1370年）逃往蒙古地區建立北元，仍以北元皇帝身份兼任蒙古大汗苟延殘喘，但很快就被在與忽必烈的汗位爭奪中失敗的幼弟阿里不哥後裔也速迭兒於1388年襲殺篡位。北元的滅亡，黃金家族-忽必烈家族失去了在蒙古人中至高無上的地位，大多數蒙古部落脫離黃金家族獨立。正可謂“秦失其鹿，天下共逐之”，蒙古各部又回到了爭奪蒙古大汗寶座的混戰中。
元惠宗
明朝時期，蒙古大體上可以分為三大部落——兀良哈、韃靼、瓦剌。兀良哈又稱兀良哈三衛、朵顏三衛，即明朝冊封的泰寧衛、福餘衛、朵顏衛，原生活於大興安嶺以東，15世紀中期內遷至明朝北部邊境大同、寧遠、鐵嶺一線，後逐漸被韃靼吸收消失於歷史中。韃靼也稱蒙古本部、東部蒙古，1402年韃靼部首領鬼力赤殺蒙古大汗坤帖木兒自立，由此明朝認為蒙古已滅，改以韃靼稱蒙古本部。瓦剌即西部蒙古，在清代又被成為卡爾梅克人、衛拉特蒙古、厄魯特蒙古，原生活於今俄羅斯葉尼塞河上游，屬於蒙古人兩大來源——“草原百姓”、“林中百姓”——中的“林中百姓”，實際上與蒙古本部的“草原百姓”差別很大，屬於當匈奴人強大時草原上的民族都是匈奴人、當蒙古人強大時草原上的民族都是蒙古人，通過與黃金家族的世代通婚成為蒙古人中重要的一部分。15世紀初，當蒙古本部陷入紛爭、汗位旁落時，首先起來爭奪的就是瓦剌。
韃靼人
1423年，瓦剌首領脫歡趁韃靼首領阿魯臺被明朝擊敗之際，於今克魯倫河大敗阿魯臺，一統瓦剌各部。1434年，脫歡再次擊敗阿魯臺，盡收其部眾，一統東西蒙古。脫歡原本想自立為蒙古大汗，但因其不是黃金家族後裔，遭到部下的強烈反對，只得擁立元朝後裔脫脫不花，自己出任太師實際執掌政權。1439年脫歡病逝後，其子也先繼位，瓦剌達致全盛時期，曾多次進攻明朝釀成“土木堡之變”。1452年脫脫不花死後，也先自稱“天聖大可汗”，成為第二十八任蒙古大汗，但也其非黃金家族出身遭到非議。兩年後，也先被部下暗殺，瓦剌由此衰落，後分裂為也先長子博羅納哈勒統領的杜爾伯特部和次子阿失帖木兒統領的準噶爾部，即清朝漠西蒙古的杜爾伯特部與準噶爾部，兩部均以“綽羅斯”為姓。
繼脫歡、也先之後，成吉思汗第十五世孫達延汗（1473年至1517年，1487年至1517年在位）於16世紀初統一漠南蒙古，重建了蒙古大汗的權威。然而，與也先一樣，在達延汗去世後，所謂的權威也就雨打風吹去。不過，達延汗的後裔們奠定了清代漠北、漠南蒙古各部的基礎。
達延汗晚年將察哈爾（今河北張家口一帶）和烏梁海（今河北承德和遼寧西部）封給長子圖魯博羅特，即蒙古察哈爾部始祖；漠南河套（今內蒙古呼和浩特和包頭一帶）封給次子巴爾斯博羅特，即蒙古土默特部始祖；今寧夏、內蒙古巴彥淖爾盟和伊克昭盟一帶封給三子阿爾蘇博羅特，即蒙古多倫土默特部始祖。又將漠北、漠南原先各自獨立的各領地整合為6個萬戶，分為左右兩翼。喀爾喀屬於左翼分為12部，內5部居住於喀爾喀河即今蒙古國哈拉哈河以東，將之分封予第五子阿爾楚博羅特；外7部位於河西，分封給小兒子格哷森札札賚爾。達延汗死後，內5部向南遷徙，在清朝成為內蒙古的一部分；外7部則留漠北地區，後發展為土謝圖汗部、車臣汗部、札薩克圖汗部、賽音諾顏部等四部，即清朝的外藩蒙古、喀爾喀蒙古、漠北蒙古。
1517年達延汗去世後，次子巴爾斯博羅特繼任蒙古大汗，但僅在位兩年就被迫退位，由自兄長圖魯博羅特之子博迪（1504年至1547年，1519年至1547年在位）繼任，蒙古汗位由此落入察哈爾部手中直至被清朝征服。巴爾斯博羅特雖只當了兩年大汗，他的兒子俺答汗卻通過東征西討控制了韃靼大部分地區，將察哈爾部驅逐到遼東、瓦剌驅逐到科布多、征服了青海，修築了歸化城即今呼和浩特，用武力迫使明朝同意開放互市，並獨尊藏傳佛教格魯派。格魯派首領三世達喇嘛索南嘉措為俺答汗上尊號“咱克喇瓦爾第徹辰汗”，承認他為成吉思汗的化身，為全蒙古的大汗。
俺答汗之後，蒙古又陷入了混亂之中，大汗再次成為各部名義上的領導。察哈爾部第四任可汗布延（1554年至1604年，1592年至1604年在位）甚至拿出了元朝的傳國璽，以證明自己是蒙古的最高統治者，各部一笑了之並不在意。布延之孫林丹汗（1592年至1634年，1604年至1634年在位）繼任大汗之後，矢志中興蒙古，無奈遭遇滿清的崛起，被滿清擊敗後不得不西遷，最後死在了青海。1635年，林丹汗之子額哲與母親蘇泰太后奉傳國璽降清，漠南蒙古各部向滿清大汗皇太極上尊號“博格達徹辰汗”，蒙古大汗之位至此由清朝皇帝兼任，蒙古帝國傳承由此斷絕，實質上滅亡了。
此後，清朝又先後征服漠北蒙古、漠西蒙古，在漠南蒙古設置察哈爾都統、熱河都統、綏遠城將軍，在漠北蒙古設置烏里雅蘇臺將軍、庫倫辦事大臣、科布多參贊大臣、阿爾泰辦事大臣，在漠西蒙古設置伊犁將軍、西寧辦事大臣，管轄蒙古各部。
烏蘭布通之戰
漠北蒙古宗教領導哲布尊丹巴呼圖克原本在當地蒙古貴族間傳承，為防止當地蒙古貴族與宗教領導勾結，清朝特地規定哲布尊丹巴呼圖克轉世靈童必須在四川藏區的理塘尋找，在北京雍和宮經金瓶摯籤產生。正是由於這一規定，2012年九世哲布尊丹巴呼圖克圖去世後，十四世達喇嘛雖宣稱十世哲布尊丹巴已轉生在蒙古，但哲布尊丹巴呼圖克圖之位至今仍空缺。
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