明朝的建立是在亡国元朝的基础之上，而元朝就是蒙古族建立的，双方可以说是那种不死不休的世仇，蒙古身为游牧民族机动性高，在辽阔的北方草原如鱼得水，明朝当然降服不了。而有明一代一直打压蒙古，虽然没有降服但是成果很大，打的蒙古抬不头起势力衰弱，后金（清）趁虚而入，打败蒙古然后采取怀柔拉拢政策，而且同为游牧民族没有什么深仇大恨共同语言更多，当然就解决了这个问题。
1367年明太祖朱元璋派徐达为征虏大将军、常遇春为副将开始第一次北伐，一路势如破竹，攻进元大都，元顺帝匆忙而逃，回到蒙古草原本部，元朝全国性政权的统治正式结束。1368年，明朝正式成立，朱元璋成为明太祖，年号洪武，在位31年，终洪武一朝共北伐八次，打的元朝的尾巴王朝北元一蹶不起。
第六次北伐蓝玉为统帅，甚至打的天元帝脱古思帖木儿匆忙而逃，后被其部将也速迭尔缢杀，俘虏天元帝脱古思帖木儿次子地保奴等64人、太子必里秃妃并公主等119人、吴王朵里只、代王达里麻、平章八兰等2994人、军士男女7.7万余人。明史记载：夏四月丙辰，蓝玉袭破元嗣君于捕鱼儿海，获其次子地保奴及妃主王公以下数万人而还。堪称北元版靖康之耻。后北元不成系统彻底取消，蒙古经历了元朝的全国性统治，尾巴王朝北元的割据统治，最后回归到游牧民族的原点。之后明成祖更是五征蒙古，当然蒙古也有反击，如明英宗时期的土木堡之变，俘英宗。明世宗嘉靖帝时期的庚戌之变更是兵围北京城。
明朝与蒙古是不死不休的世仇，更是农耕文明与游牧文明的对抗，有着不可调节的矛盾。双方一直征战中，当然明朝整体来说是一直压制蒙古，至明末蒙古已经是四分五裂不足为患了，也给了后金征服蒙古的机会。
清朝最早在清太祖努尔哈赤时期就拉拢了一些蒙古部落，清太宗皇太极时期为了面对明朝时没有后顾之忧，开始征战四方，迫使朝鲜降服，征战蒙古时因为有明一代二百多年的打压，蒙古早已没有当年成吉思汗时代的荣光了，轻松将蒙古末代大汗林丹汗击败，最后征服蒙古诸部，而这只是一个开始。
因为没有世仇且同为游牧民族，征服过后，清朝开始对蒙古部落采取拉拢怀柔政策，联姻于蒙古，清朝皇后多出自蒙古，其中代表人物就是出自蒙古科尔沁部的孝庄太后，而且蒙古有一套完善的藩王制度，可以世袭罔替独立于清廷之外，清朝虽然共有12位藩王，但蒙古的世袭王爷也不少也没有计入其中，可以看出清廷对于蒙古的待遇之重，同时清廷在蒙古推行黄教，出家之人待遇颇高，是平民的好出路，但是出家人不得成婚也就是没有子嗣，在这种另类计划生育之下，蒙古人口锐减一蹶不起，清廷的控制进一步加深，这才是清朝真正降服蒙古的原因所在。
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