1368年，享國運不足百年的元朝被朱元璋嚮導的叛逆顛覆了，與遼、金、西夏等少數民族政權不同，末代元朝皇帝元順帝妥歡帖睦爾既沒有戰死，也沒有自殺，而是帶領著王族和所剩的部隊撤離到了本人先人曾經衰亡的故地——蒙古高原，在中國完成了一次外來政權滿身而退的“奇觀”。
這得歸功於從成吉思汗開始的近似於瘋狂的擴張，使得蒙古帝國幅員廣闊，汗國、部落林立，而元朝的版圖只算蒙古帝國的一部分，元朝的皇帝又是蒙古帝國的大汗，關於蒙古各大汗國和部落享有宗主權。元朝的淪亡，只是使蒙古帝國失去了中國的國土，而蒙古國仍然存在。
元順帝是元朝皇帝中少有的接觸漢文明較深的一個，大都淪陷倉皇北歸的打擊，關於他來說是極大的，固然仍然還是蒙古各部的大汗，但也不能排解他“去國懷鄉”的憂慮，尤其是明朝部隊關於他的持續打擊又接連不斷，更使他惶惶不可整天。
終於，1370年5月23日，他懷著悲憤和憂鬱，在沙拉木倫河畔的應昌逝世。元順帝的兒子愛猷識理達臘得悉父親逝世的音訊後，便在哈拉和林繼位，他將殘元政權又維持了八年，並盛食厲兵渴望著有朝一日重登中國皇位。但是，他非但沒有時機實現這一願望，還面對著深化到蒙古地區的明朝部隊的攻擊。
1372年，明朝大將徐達率軍攻向哈拉和林，這是蒙古黃金家族的大本營，是權利和光彩的意味，一旦被明軍攻破，蒙古帝國將透徹活著界上消逝，因而，蒙古人的抵擋十分劇烈。
但是，被譽為“萬里長城”的徐達一起上勢不可當，愛猷識理達臘簡直到了絕望地邊緣。所幸，明朝的大軍由於陣線過長，後援不繼，受阻於土拉河畔。
1378年，愛猷識理達臘懷著滿腔遺憾逝世，其子脫古思帖木兒繼位，這位第三任殘元皇帝所能控制的國土曾經減少到蒙古帝國最初衰亡時的規模，恢復祖上的榮光更顯得毫無能夠了。
1388年，一支10萬人的明朝部隊在大將藍玉的帶領下在合勒卡河和克魯倫河之間、貝爾湖南岸大敗脫古思的部隊，殘餘諸王、平章以下官員三千多人及軍士七萬餘人被俘，脫木思帖木兒逃脫後被其部將縊殺。
這次的失敗使黃金家族——忽必烈家族的殘元政權喪失了在蒙古人中至高無上的地位，以致於大多數蒙古部落宣佈擺脫它而自主。1399年，散佈在葉尼塞河上游沿岸的乞兒吉斯部領袖貴力赤，否認了最後一任殘元皇帝額勒伯克的宗主權，於1399年將其打敗並殺死，取得了統治各部的霸權。
至此，苟延殘喘了29年的殘元政權淪亡了，合法的蒙古帝國大汗不復存在了，蒙古各部又回到了搶奪蒙古帝國大汗寶座的紛爭當中。
對明朝管轄境外的北元軍政集團，他採取一邊軍事打擊，一邊加以招安的方針。關於俘獲、屈從的蒙古上層人士加以厚待。洪武三年被明軍俘獲的蒙古皇族、元順帝之孫、昭宗之子買的裡八剌，太祖皇帝加封為崇禮侯。並在4年後將其放還。
有學者以為買的裡八剌便是被鬼力赤殺死的額勒伯克汗。1388年明軍俘獲的另一個順帝之孫、脫古思帖木兒汗之子地保奴，也只是因其口出怨言而放逐到琉球去了。
這和元朝處置獲罪皇族的常規是符合的。元順帝本人就曾被放逐到高麗大青島（今屬韓國）。長期扼守遼東的蒙古貴族、軍閥納哈出，1387年屈從明朝後太祖皇帝也加以封賞，封為海西侯。
關於在明軍北伐中對立的元朝宗室，如順帝在大都留下的監國淮王帖木兒不花（世祖之孫，時年已83歲），明軍當行將其處死。這或許不夠寬厚，但應該視為一種激進的戰爭花招。
屈從明軍的蒙古騎士，往往被編入軍中。明成祖在靖難戰爭中就調用了朵顏三衛蒙古馬隊的力量。成祖為了留念這場戰爭而繪製的《長陵八駿圖》表現：戰役中守衛在他身邊的，簡直滿是蒙古軍官。
關於境內的普通蒙古人，太祖皇帝明確表示：如蒙古、色目，雖非華夏族類，然同生天地之間，有能知禮義、願為臣民者，與中夏之人撫養無異。 （1367年《諭中原檄》）
這闡明 ，明朝是情願將蒙古人視為臣民的。當然，明朝對蒙古人並不是毫無鄙視的。《大明律》中規則，蒙古人必須與“中國人”通婚，不得本族內通婚。這當然是一種族群鄙視性的法則。不過，這一條在明代的實際實行狀況是很值得疑心的。
關於儒化的蒙古士人，太祖表示“蒙古、色目人既居我土，即吾赤子。有才能者，一體擢用”。蒙古士人答祿與權，是元朝的河南北道廉訪司僉事，在明朝取得推薦，擔任秦府紀善，擔任輔導太祖的次子秦王。
可見太祖固然有肯定的民族情感，但是勇於任用肯出仕明朝的蒙古人才的。綜言之，太祖皇帝沒有對蒙古人這一群體實施過什麼不好的政策。他對蒙古人是加以區別看待的，但政策的出發點，是把蒙古人和漢人一樣，變為馴服的明朝臣民。
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