北宋靖康元年（公元1126年），金兵攻破東京汴梁城（今屬河南開封），掠走徽欽二帝，包括傳國玉璽在內的皇室大量珍寶同時被劫掠，此後，傳國玉璽下落不明。
元至元三十一年（1294年），消失了近七十年的傳國玉璽忽然出現在大都（北京）的集市上，有人公然叫賣。
丞相伯顏聞知消息，立即命人將玉璽買了回來。
伯顏曾將收集到的歷朝印璽全部磨平，分發給王公大臣作私人印章，有學者懷疑，傳國玉璽極有可能被伯顏給毀掉了，但是卻沒有史料可以證實，是伯顏毀掉了傳國玉璽。
明朝時期，蒙古瓦剌部首領也先聲稱自己得到了傳國玉璽。
也先，生年不詳，全名為綽羅斯•也先，其父親綽羅斯•脫歡統一了漠北東部地區，成為瓦剌部首領。
明正統四年（1439年），也先繼承了瓦剌部首領之位，一度嚮明廷朝貢，受封敬順王，同時被蒙古帝國大汗脫脫不花封為太師。
也先統治瓦剌部時期，一度征服了女真部族，勢力達到了朝鮮半島北部。
部落逐步強盛，也先開始目無朝廷，以明廷拒絕貿易為由，開始大舉南侵。
正統十四年（1449年），土木堡之戰，瓦剌軍大敗明軍，俘虜了明英宗，因圍攻不下，只好釋放了明英宗。
景泰四年（1453年）八月，也先擊敗大汗脫脫不花，僭稱“大元田盛大可汗”，以其子為太師，改元“添元”。
《萬曆野獲編》記載：也先派遣使者嚮明廷貢馬時，自稱“大元田盛大可汗”，其中的“田盛”意思是“天聖”，因為漢語沒整明白，所以稱號弄得不倫不類，貽笑大方。
也先給朝廷的奏疏中狂妄地寫道：“往者元朝受天命成為之主，今我已得其位，擁有國土和人民，並得傳國玉璽，敬請遣使修好……”
這段文字的意思是：
以往元朝順應天命，成為夷夏的共主。現在我已經擁有了大汗的地位，擁有土地和人民，而且還得到了代表正統的傳國玉璽，這就是天意啊！敬請大明帝國遣使修好，並向太上皇（明英宗）問好，末尾稱天元元年。
景泰帝召集大臣商議，決定稱呼也先為“瓦剌可汗”，同時設宴款待使者，並給予厚賞。
當時的也先氣焰囂張，雙方“幾同敵國”，所以沒有提及奉送傳國玉璽。
天順元年（1457年），明英宗復位，也先手下的太師孛來、知院阿哈剌派遣使者，表示願意向朝廷進獻傳國玉璽。
明英宗命使者轉達口諭：“爾欲獻傳國寶，此意可嘉，但此寶已失真，即真亦秦始皇所造不祥之物。我朝自有祖宗相傳之寶，亦不用此，其進與否，任從爾便。”
——爾等打算把傳國玉璽獻給朝廷，心意可嘉，但是傳國玉璽目前真假難辨。即便是真的，也屬於秦始皇製造的不祥之物。我朝自有祖宗世代相傳的國寶玉璽，朕也不會使用爾等所謂的傳國玉璽，進獻與否，你們隨意吧！
也先與手下的心拔涼拔涼，此後不再拿傳國玉璽說事兒了。
早在永樂皇帝在位時期，就曾發生過類似的事情。永樂八年（1410年），永樂帝就對瓦剌首領、北元太師阿魯臺說過：“爾言元氏子孫已絕……”
——你說元朝皇室後裔已經絕嗣，瓦剌倘若沒有誠心歸附，是不會進獻傳國玉璽的。傳國玉璽有什麼啊？想當年堯、舜、禹、商湯、周文王、周武王這些君主在位的時候，根本沒有傳國玉璽，不是一樣統治天下嗎？如果說傳國玉璽果真是寶物，大元朝應該萬世永存啊，咋就衰敗成今天這個樣子了呢？
宣德九年（1434年），瓦剌部順寧王脫歡弒殺阿魯臺，得到了傳國玉璽，派遣使者進獻給明宣宗朱瞻基。
明宣宗傳口諭給順寧王脫歡：“王克紹先志，遣人進馬……”
你順寧王遣使貢獻馬匹，朕看到了你的誠意，你進獻傳國玉璽，朕也明白你的意思，然而國家是否萬世永存，跟傳國玉璽沒一毛錢關係，既然你順寧王得到了，你就留著自己用吧！
明朝幾代皇帝對待傳國玉璽一事不溫不火，態度出奇地一致，足可見明代皇帝的血管裡，都流淌著先祖朱元璋無比強大、堅不可摧的自信基因。
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