2016年8月11日，C市國家稅務局第一稽查局（以下簡稱“稽查局”）對房地產開發有限公司甲2011年1月1日至2015年12月31日的納稅情況進行檢查。
2017年3月21日，稽查局向甲公司作出了《稅務處理決定書》（長國稅稽一處[2017]11號），認定甲公司的違法事實及處理決定如下表所示：
甲公司不服，在提供相應擔保後，向C市國家稅務局申請複議。C市國家稅務局2017年3月21日作出長國稅複決（2017）1號行政複議決定書，撤銷了長國稅稽一處（2017）11號處理決定違法事實第（一）項，而維持了違法事實（二）、（三）、（四）項，並責令市稅務稽查局重新作出處理決定。甲公司於2017年7月3日向一審法院提起（2017）0104行初58號行政訴訟，請求撤銷長國稅稽一處（2017）11號處理決定書和長國稅複決（2017）1號行政複議決定書。
01 發票不是唯一稅前扣除憑證
縱觀企業所得稅法關於稅前扣除的相關規定，可以歸納出發票僅是企業所得稅前扣除的一類“合法、有效憑證”，而不是唯一的“合法、有效憑證”。
《中華人民共和國發票管理辦法》第二十一條規定，“不符合規定的發票，不得作為財務報銷憑證。”《國家稅務總局關於進一步加強普通發票管理工作的通知》（國稅發[2008]80號）第八條第（二）款規定，“納稅人使用不符合規定發票特別是沒有填開付款方全稱的發票，不得允許納稅人用於稅前扣除、抵扣稅款、出口退稅和財務報銷。”《國家稅務總局關於加強企業所得稅管理的意見》（國稅發[2008]88號）第二條第（三）款第3項規定，“加強發票核實工作，不符合規定的發票不得作為稅前扣除憑據。”《國家稅務總局關於印發的通知》（國稅發[2009]114號）第六條規定，“未按規定取得的合法有效憑據不得在稅前扣除。”國家稅務總局關於發佈《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》的公告第二條規定，“本辦法所稱稅前
扣除憑證，是指企業在計算企業所得稅應納稅所得額時，證明與取得收入有關的、合理的支出實際發生，並據以稅前扣除的各類憑證”。按照現行稅法，發票是企業所得稅前扣除憑證中重要的一種，但並非沒有發票就絕對不準扣除，也不是有了發票就一定準予扣除。扣除憑證反映的，企業發生的各項支出，應當確屬已經實際發生。要求支出是真實發生的，證明支出發生的憑據是真實有效的。換言之，符合規定的發票僅僅是稅前扣除的一類合法、有效的憑證，但不是唯一的合法、有效憑證，合法、有效憑證不具有唯一性、唯發票性。因此，上述規定適用的情形是納稅人能夠取得符合規定的發票，稅務機關的檢查重點在於納稅人所取得的發票是否符合規定，是否與真實交易相一致等等。
02 “應當取得發票而未取得”情形
財政部、國家稅務總局《關於全面推進營業稅改徵增值稅試點的通知》（財稅[2016]36號）銷售服務、無形資產、不動產註釋中，貸款服務屬於金融服務子目，屬於增值稅的徵稅範圍。貸款，是指將資金貸與他人使用而取得利息收入的業務活動。
國家稅務總局關於發佈《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》的公告（國家稅務總局公告2018年第28號）第九條規定，“企業在境內發生的支出項目屬於增值稅應稅項目（以下簡稱“應稅項目”）的，對方為已辦理稅務登記的增值稅納稅人，其支出以發票（包括按照規定由稅務機關代開的發票）作為稅前扣除憑證；對方為依法無需辦理稅務登記的單位或者從事小額零星經營業務的個人，其支出以稅務機關代開的發票或者收款憑證及內部憑證作為稅前扣除憑證，收款憑證應載明收款單位名稱、個人姓名及身份證號、支出項目、收款金額等相關信息”。
甲公司支付貸款利息費用屬於增值稅應稅項目，按照規定甲公司須取得G公司開具的發票後才能將利息支出在企業所得稅稅前扣除中列支。但本案中張某屬於個人，無法開具發票，企業稅前列支該部分支出就不是必須取得發票了，其支出以稅務機關代開的發票或者收款憑證及內部憑證作為稅前扣除憑證。根據企業所得稅稅前扣除的相關規定，非金融企業實際發生的對外借款利息，應分別不同情況處理：
（1）向金融企業借款發生的利息支出，該金融企業開具的符合規定的發票。
（2）向非金融企業或個人借款而發生的利息支出，須取得付款單據和符合規定的發票，輔以借款合同（協議）；在首次支付利息並進行稅前扣除時，應提供“（本省任何一家）金融企業的同期同類貸款利率情況說明”。
（3）為向金融企業或非金融企業借款而支付的融資服務費、融資顧問費、投融資顧問費、手續費、諮詢費等，應取得符合規定的發票。
（4）在符合規定的統借統還業務中，資金使用單位向企業集團或企業集團中的核心企業以及集團所屬財務公司（統借方）支付的利息，應取得統借方開具的符合規定的免稅發票。
03 善意取得虛開的增值稅專用發票
企業所得稅法及其實施條例確立了成本費用扣除的五大原則：權責發生制原則、配比原則、相關性原則、確定性原則以及合理性原則。對於納稅人善意取得的虛開增值稅專用發票所對應的成本能否稅前列支，稅法並沒有予以明確 ，這就給稅企之間的爭議埋下了隱患。在稅收徵管工作過程中，稅務機關大多認定善意取得虛開增值稅專用發票不得作為企業所得稅稅前扣除憑證，所對應的成本也不能稅前列支，但是納稅人認為企業真實、合法發生的成本、費用不得稅前列支，給企業造成了較大的稅收負擔，同時也有違稅法公平和實質課稅原則。
由於“虛開”的發票對應的企業所產生的成本，是否應當作為企業所得稅稅前列支，稅法沒有明確規定，造成了稅務機關行政執法乃至司法審判上法律適用的混亂。針對這一亂象，《企業所得稅稅前扣除憑證管理辦法》的公告（國家稅務總局公告2018年第28號）予以了明確，業務真實發生，補開、換開後的發票可以作為稅前扣除憑證。企業無法取得補開、換開發票的可以憑藉其他業務資料證明交易真實性。
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