八旗本無高低之分。清軍入關前，八旗中的正黃、鑲黃兩旗由汗王（皇帝）直接統領，其它6旗分別由汗王的子侄統領。惟鑲黃旗只屬於皇帝一人。鑲黃旗內除了皇帝之外．沒有其他宗室。稍後，皇權進一步加強，正黃旗與正白旗又歸皇帝統屬。
入關以後，宗室王公皆分隸鑲白、正紅、鑲紅、正藍、鑲藍等五旗，皇子分府全部撥入這五旗。再無入正黃與正白旗的人。如此始有上三旗，下五旗之分。實際上，上三旗與下五旗只是相對於包衣佐領而言的，而與皇族和普通旗人無關。皇室管家內務府三旗的包衣佐領，主要服務於宮廷。下五旗亦設包衣佐領，皆為王府所屬，各隨其主之旗。
清順治七年（1650年），攝政王多爾袞去世，清世祖順治開始親政。他為了加強對八旗掌控，親自統領了原屬多爾袞的正白旗，這樣由皇帝控制的正黃、鑲黃、正白三旗，稱為上三旗；由諸王、貝勒掌控的鑲白、正藍、鑲藍、正紅、鑲紅五旗，稱為下五旗，此後終清未改。上三旗較下五旗為崇，是皇帝的親兵，擔任禁衛皇宮等任務，下五旗駐守京師及各地。
雍正為進一步加強中央集權，削弱諸王、貝勒對各旗的控制，嚴格區分下五旗中的旗分佐領（俗稱外佐領）和府屬佐領（俗稱內佐領）的隸屬關係。下五旗中的主要部分旗分佐領，實際上也由皇帝直接控制。諸王及貝勒僅能控制其府屬佐領。又以鑲黃、正白、鑲白、正藍四旗居左，稱為左翼；正黃、正紅、鑲紅、鑲藍四旗居右，稱為右翼。鑲黃旗又稱頭旗。
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