1888年清朝第一面國旗誕生，即長方形的“黃底藍龍戲紅珠”旗。1912年1月10日，黃龍旗由五色旗取代。
1840年鴉片戰爭後，隨著西方列強的侵入，原來閉關自守的清王朝同各西方列強的交往日益增多。李鴻章在同西方列強談判、簽約、通商、互派外交人員等外交活動中，看到西方列國莊嚴懸掛國旗，而中國卻無旗可掛，深感有失“天朝威儀”。於是上奏慈禧太后，提出在外交場合中需要有代表大清國的旗幟，請求頒制國旗。慈禧就命李鴻章負責設計圖案。經過多方徵集篩選，李鴻章上呈了八卦旗、黃龍旗、麒麟旗、虎豹旗等多種方案，供慈禧太后選定，最後決定使用黃龍旗為大清國國旗。最初用於作為北洋水師的軍旗，並於1888年（光緒14年）《北洋海軍章程》頒佈與確認本為海軍旗的“黃底藍龍戲紅珠圖”為大清國旗（俗稱“黃龍旗”）
清廷於1862年（同治元年）以"三角黃龍旗" 作為官船的旗號（注：有說黃龍旗的設計概念來自於滿清八旗中正黃旗的旗幟）。 到了1881年（光緒七年）9月，在英國定購的“揚威”、“超勇”兩艘巡洋艦回國後，由於三角形的旗與西方各國軍艦上的國旗皆不相同，將黃龍旗改為長方型。旗為羽紗質地，正黃色，用羽紗鑲嵌青色五爪飛龍，龍頭向上，分為大小四號，頭號橫長1丈5尺6寸，寬1丈6寸5分；二號橫長1丈3尺9寸，寬9尺5寸；三號橫長1丈1尺5寸，寬7尺6寸；四號橫長9尺6寸，寬6尺三寸。軍旗提督用五色長方旗，諸將用三色長方旗，上角飾以錨形。
黃龍旗是滿清皇帝的象徵，以黃龍旗做為國旗有“朕即國家”的意思。據說黃龍旗的設計概念來自於清朝八旗中正黃旗的旗幟。
不過，在清朝之前，我國就已經有了象徵國家的旗幟了，它就是明朝官方船隊的旗幟。
由於海上“絲綢之路”的發展，明朝的海上貿易發達起來，各國的船隻往來穿梭，絡繹不絕。為了更好地識別各國船隻的身份，不引起不必要的麻煩，他們都在船上懸掛各自的旗幟以方便辨認。
為此，明朝的第12位皇帝明穆宗在位期間，特意下旨讓人設計了象徵大明的旗幟，就是“日月旗”。如圖：
這面旗幟具有明顯的大“明”元素。日月環抱就是明，紅日當空就是照耀大地，居中就是以我為中心，藍底就是藍天。這是大明希望“萬國來朝”的意思。以反清復明為宗旨的洪門，曾經使用過日月旗，反抗清廷。洪門中有《大明旗詩》雲：“日月旗中第一枝，會合洪英創洪基。為人須要存忠義，不可外頭說是非。”
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