在中央設置了五軍、六部、五寺、錦衣衛、三公、諸司、外三監、內十二監。
五軍：中軍都督府、左軍都督府、右軍都督府、前軍都督府、後軍都督府。掌全國兵馬大權，主導軍事建設，每個都督府分別管轄幾省的都指揮使司。相當於現在的5大戰區。
六部：吏、戶、禮、工、刑、兵。
都察院：設立監察御史若干人，分巡全國各省，稱為12道監察御史。每道有監察御史3~5人，範圍大體為1省。但監察御史都在京師，有事帶印出巡，事畢回京繳印。到明末，監察御史分為13道，共有110人。
六科：分吏、戶、禮、工、刑、兵六科。品級雖低，職權很高。他們可以不贊成皇帝的意旨。
五寺：五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺。大理寺、刑部、都察院合為3法司，相當於現在的最高法院；太常寺負責祭祀；太僕寺管理馬匹；光祿寺負責壽宴；鴻臚寺負責接待外賓。
內閣：輔佐皇帝處理事務。官職被命為“大學士”。
錦衣衛（東廠、西廠）：錦衣衛直接聽命於皇上，可以逮捕任何人，並進行不公開的審訊。在東廠設立後，錦衣衛權力受到削弱，東廠主要是監視官員、社會名士、學者等，並有權向直接向皇帝彙報。在得到皇帝的授權後也能夠對其執行逮捕、審訊。設立之初，由宦官擔任提督。西廠（負責監視錦衣衛和東廠）設立後不久被廢除。
三公：包括太師、太傅、太保。名為輔導太子，實際上輔導太子的機構是詹事府。此外，還有太醫院、翰林院。
諸司；指不屬於各部院的司。主要指通政司和行人司。通政司負責傳遞公文。行人司負責到地方上頒詔諭及赴國外作使臣。
外三監：包括國子監、欽天監、上林苑監。欽天監負責觀測星象，國子監是教育機構，上林苑監負責御花園，畜牧場與菜圃。
內十二監：為宦官衙門。包括司禮監、內宮監、御用監、司設監、御馬監、神宮監、尚膳監、尚寶監、印綬監、直殿監、尚衣監、都知監。此外，還設有4個司（惜薪、鐘鼓、寶鈔、混堂），8個局（兵仗、銀作、浣衣、巾帽、針工、內織染、酒醋面，司苑），合為內官24衙門。宮女也有6個局（尚宮、尚儀、尚食、尚寢、尚功）。
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