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自滿清入關以後，統治者渴望建立全國性的統一政權的願望，便越來越強烈。八旗鐵蹄一路南下，佔領了全國大片的國土，最後，只剩下一個臺灣。此時的臺灣，自鄭成功驅逐荷蘭人之後，便一直為鄭家所有，鄭家正是依靠規模龐大的艦隊才得以維護其統治。然而，實力強勁的臺灣水師，為何卻被依靠騎兵橫行天下的滿清所擊敗呢？
滿清士兵
滿清之所以能夠橫行天下，依靠的是努爾哈赤創建的八旗兵制度，其核心正是滿清政權引以為傲的騎兵。自滿清建立後金開始，經歷的大小戰役均是以陸戰為主，很少水戰，正是依靠陸戰強大的實力，才使得清廷統一了除臺灣以外的其他地區。因此，水軍在滿清並不受重視，因而實力弱小。
而反觀鄭成功的臺灣水師。自其父鄭芝龍起，便經營海上貿易，鄭家的船隊可以說是當時亞洲最大的海上力量。即便是在鄭芝龍助南明抗擊清軍之時，他也依然沒有忘記自己海商的身份，依舊保持著強勢的海上存在。如果說滿清是馬背上的民族，那麼可以說鄭家就是“甲板上的家族”了。
民族英雄鄭成功
而通過一組數據，我們可以更加清楚地瞭解到雙方實力的差距。
滿清水軍，莫說是剛剛入主中原，又經歷了三藩之亂的清朝康熙年間，就是在滿清最為繁榮的乾隆時期，所有水軍加在一起的艦船總數只有八百六十三艘。而早在鄭成功時期，臺灣水師擁有的戰艦就超過了三千艘。其中，僅僅在攻打南京的一次戰役中，鄭成功就投入了二千餘艘戰艦。除了在數量上佔據絕對優勢以外，在質量上，清軍的 戰船也很難與吸收了世界海上強國荷蘭造船技術的臺灣水師相媲美。當時的臺灣水師戰船擁有雙層甲板，可靠性大大加強，再加上最高二十四門紅夷大炮的配置，使得戰船無論從火力還是可靠程度都遠超清軍水師。
可以說，雙方相比之下，滿清的海上實力明顯處於絕對的劣勢。既然如此，那麼為何滿清卻能最終打敗臺灣水師進而收復臺灣呢？
說到臺灣，自十七世紀初期便被荷蘭人佔據。在荷蘭殖民者入侵臺灣之後，分別建立了熱蘭遮城和赤嵌城，用以維護其經濟利益，鎮壓百姓，臺灣人民生活在水深火熱之中。
南明隆武政權覆滅之後，鄭成功的父親鄭芝龍降清，而鄭成功拒絕了清廷多次招撫，毅然決然地舉起了抗清的大旗。
為了躲避清軍以圖恢復，鄭成功先是南澳島招募士兵，隨後前往廈門，輾轉數載，鄭成功的船隊已經達到數萬人。然而，在經歷了北上南京戰役的失敗之後，面對清軍的步步緊逼，鄭成功意識到，福建已經不能久駐，於是便率領部下前往臺灣，在經歷了數年的艱苦戰鬥之後，鄭成功 終於收復了臺灣，他也因此成了民族英雄。
在到達臺灣之後，鄭氏集團開始積極地進行海外貿易，與當時的日本及東南亞各國都建立了貿易關係。而臺灣特殊的地理位置，更是使得他成了海上的交通要衝，往來商船皆需要經過此處，因此單單在於日本的貿易中，每年就能為鄭氏家族提供超過二百五十萬兩白銀的鉅額收入。這些銀兩足夠支撐超過三百艘戰船的建造。就在鄭成功經營臺灣之時，清政府已經同意了除臺灣之外的其他地區，因此臺灣反抗勢力的存在日益成為了清政府的一塊心病。然而臺灣水師強大的實力就成了清廷最為忌憚的一點。
於是康熙帝採納了降將施琅的計劃，決心收復臺灣。並最終成功，其中原因，大致可以分為四點。
雄才大略的康熙皇帝
清軍實行海禁政策
臺灣水師固然強大，然而臺灣面臨著一個難以迴避的短板，即資源稀缺，鄭氏集團的的錢財都來自海上。臺灣水師的發展嚴重依賴大陸的資源支持。它的船隊也嚴重依賴沿海和海外資源。建國不久的滿清正是敏銳的觀察到了這一點，才敢至整個沿海經濟於不顧，堅定的實行海禁，在清廷的壓力之下，早在一六六零年日本就中止了對臺灣的物資供應。再加上大陸地區的海禁，使得臺灣地區物資稀缺，物價飛漲，龐大的臺灣水師也難以為繼。
水師將領清軍更勝一籌
海禁為收復臺灣提供了基礎，而尋找一名合適的帶兵之人才是能夠左右戰局的大事。此時，一名明軍降將進入了康熙帝的視野，那邊是大名鼎鼎的“海霹靂”施琅。施琅本為明軍部將，然而因為臺灣權力內鬥，施琅的父兄皆被殺害。於是與臺灣有殺父之仇的施琅憤而降清，成為了決定臺灣命運的人。
滿清水師與臺灣水師大戰
此時臺灣的水師提督為劉國軒，在於施琅的交戰中難以討到便宜。在清朝水軍南下臺灣之時，劉國軒錯誤的認為臺灣難於大陸為敵，因而沒有采取主動出擊的策略，轉而採用消極防守，希望藉助六月的颱風天將清軍擊退。然而，與劉國軒料想的恰恰相反，颱風雖至，然風向卻是有利於清軍，於是劉國軒的水師逆風作戰，很快敗下陣來。
雙方主將實力的差距成為清軍最終戰勝臺灣水師的重要保證。
主少臣強臺灣內部自亂
除了這些原因，臺灣內部也有著各種矛盾，自第二代延平王鄭經死後，新繼位的是隻有十幾歲的鄭克爽。如此一來，主少臣強的局面形成，臺灣內部開始出現主戰主降的爭鬥。加之海禁日甚，鄭氏集團內部矛盾被迅速激化，進而導致了武裝分裂：在海禁期間，共有五萬多鄭家武裝人員攜船隻火炮投降清軍。而清軍正是將這些海戰經驗豐富的士兵整編之後才形成了可以與臺灣水師抗衡的水軍。如此局面之下，當清軍大舉進攻之時，鄭氏集團的抵抗情緒並不高漲。
雙方綜合國力相去甚遠
真正使得清朝戰勝臺灣水師的基礎，乃是清朝強盛的國力。
臺灣水師再強悍，也終究是以一隅敵全國。清軍的戰船雖然不如臺灣水師精良。然而清軍依靠著資源優勢，可以迅速趕上，尤其是福建地區盛產的一種樹木，重量輕且韌性強，可以建造噸位更大的艦船。而臺灣土地狹小，當地盛產的樹木不適合建造艦船，因而，在海禁的影響下，由於得不到福建木材的補給，臺灣水師的艦船噸位逐漸縮小，最終被清軍反超。加上其賴以生存的海上貿易不復存在，臺灣坐吃山空，一日不如一日。
滿清船隊
總結：
最終，在清軍大舉進攻臺灣之時，臺灣水師全軍覆沒。而失去了統治基礎的鄭氏集團也失去了抵抗的意志，於是舉城投降，臺灣與大陸再次融為一體。縱觀雙方整場博弈，清軍明顯佔據了資源的優勢，而臺灣，雖然前期有著強力的資本，但是隨著海禁的進行，臺灣與清廷的實力逐漸拉大，並最終導致了失敗。臺灣水師之所以敗於不善水戰的清軍，實乃是輸在了雙方差距懸殊的綜合實力之上，而並非自身的戰鬥力不足。
