利用純酵母發酵，因系純菌，一般並不產生酸味，在一般情況下面團無變化。
酵種發酵，因酵種內除酵母菌外．還存有醋酸菌等雜菌，隨著發酵時間的延長和溫度的升高，醋酸菌等大量繁殖，分泌出氧化酶．將酵母發酵時產生的酒精分解為醋酸和水，使麵糰有強烈的酸味。其反應式如下：
C2H5OH → CH3COOH + H2O
酒精 醋酸 水
發酵的時間越長，醋酸菌繁殖越多，氧化酶作用越大，麵糰的酸味越濃，這就是酵種發酵出現酸味的原因。
從上面的敘述中可以知道，麵糰發酵的過程就是麵粉中的澱粉、蔗糖分解成單糖，提供酵母繁殖所需養分的過程；酵母繁殖利用這些養分，進行呼吸作用和發酵作用，產生大量的二氧化碳氣體，並同時產生水和熱。
二氧化碳氣體被面團中的麵筋網絡包住不能逸出，從而使麵糰出現蜂窩組織，膨大、鬆軟，併產生酒香味．如用酵種發酵還會產生酸味。這就是酵母菌的發酵機理．也是麵糰膨鬆的基本原理。
所以通常酵母發酵時不要加鹼中和的，而老面發酵容易產酸，所以需要扎鹼。
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